データベース一覧(構築型分類 完全版)
出典: WINGpro
国内のデータベースは開発あるいは提供機関別に、国外のデータベースはカタログサイトへの登録数が多い順に並べている。
| 名称 | Webページのタイトル | 概要 | 開発機関 | 情報源 | 国名 | 型分類 | 対象 | 生物種 | PubMed ID | カタログサイト掲載数 | 最終アクセス確認日 | 内容 | 説明 | 参考URL/PubMedID | 素材となったDB | データ量 | PubMed ID（手動収集） | 統計情報掲載ページ | バンクの場合、収集対象 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Oryzabase | ナショナルバイオリソースプロジェクト（NBRP）Oryzabase | Rice genetics and genomics | 遺伝研 | 文科省 | Japan | 辞典 | 植物, イネ | 4 | 2007-02-14 | イネ研究ポータルサイト | イネ研究に関連するデータおよびリソースを収集したポータルサイト。 種に関する情報（系統、野生種、突然変異体）、遺伝子発現に関する情報（組織、発生段階との関連）、配列情報（遺伝子、オルガネラ）、マップ（連鎖地図、物理地図、比較地図）、文献情報が掲載されている。 | http://www.shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/top/top.jsp | KOME, IRGSP, DDBJ, | ||||||
| ABA | Ascidian Body Atlas | Ascidian body atlas: digital 3D model of ascidian development | 遺伝研 | 文科省 | Japan | プロジェクト | 形態 | 無脊椎動物, ホヤ | 1 | 2007-02-08 | ホヤ発生過程の形態 | カタユウレイボヤの受精卵からオタマジャクシ幼生までの発生過程の各ステージについて、形態の画像を収集したデータベース。 mid-tailbud期の３次元再構成像、細胞系譜の図、あり。 | http://ciona.lab.nig.ac.jp/ascidian/index.htm | ||||||
| PEC | PEC (Profiling of E.coli Chromosome) | Profiling of E. coli chromosome | 遺伝研 | 文科省 | Japan | 辞典 | アノテーション | 微生物, 大腸菌 | 2 | 2007-02-14 | 大腸菌遺伝子の辞書 | 大腸菌ゲノム上の全遺伝子について、名前、位置および向き、生育に必須か否か（文献より分類）、関連する大腸菌株、欠失株の情報、ホモロジー解析結果、ドメイン・モチーフ情報、他の生物種との比較結果が掲載されている。 Minimal Genome Projectにおいてゲノムを欠損させた株の情報が平行して掲載されている。 特に実験的機能解析に重要な情報を集積することを目的としている。 | http://shigen.lab.nig.ac.jp/ecoli/pec/about.jsp;jsessionid=8C7CA85A2A37F27FE2A87BF98E7E2E0B.tomcat4_7 | 4,410遺伝子 | 15612923 : minimal genome project) | http://shigen.lab.nig.ac.jp/ecoli/pec/index.jsp | |||
| BodyMap-Xs | BodyMap-Xs | A database for cross-species comparison of vertebrate gene expression | 遺伝研 | 文科省 | Japan | プログラム | 遺伝子発現 | 16381946 | 2 | 2007-02-14 | 遺伝子発現パターン | 33生物種について、組織もしくは細胞ごとに遺伝子発現パターンを導出したデータベース。 発現パターンは公開済み配列データを基に導出される。 | http://bodymap.jp/ | DDBJ (EST), UniGene, InParanoid, UniProt/Swiss-Prot, RefSeq | |||||
| Moue Microsatellite Data Base of Japan (MMDBJ) | MMDBJ(Mouse Microsatellite Data Base of Japan) | マウス系統のマイクロサテライトマーカーの多型情報の統合データベース | 遺伝研 | 文科省 | Japan | プログラム,データバンク | DNA, 多型 | 脊椎動物, 哺乳類, マウス | 1 | 2007-02-14 | マウスマイクロサテライト | マウスのマイクロサテライトマーカーを収集したデータベースで、研究者からの新規データの登録も受け付けている。 マウス系統ごとのSSLPの相違を示す実験結果を、PCR条件とともに掲載している。 特に日本産マウス(MSM, JF1)に注力している。 | http://www.shigen.nig.ac.jp/mouse/mmdbj/about.jsp;jsessionid=8B75809567808DAAB6064D98B24CE5AB.tomcat4_2 | マウスマイクロサテライトマーカー | |||||
| RAP-DB | RAP-DB | Rice annotation project database | 遺伝研DDBJ | 文科省 | Japan | プログラム | アノテーション | 植物, イネ | 0 | 2007-01-05 | |||||||||
| GTOP | GTOP database | Protein fold predictions from genome sequences | 遺伝研DDBJ | 文科省 | Japan | プログラム | タンパク質, 立体構造 | 11752318 | 3 | 2007-02-14 | タンパク質予測構造 | 既知のゲノム上に予測もしくは確定されている全ORFについて、立体構造予測および機能解析を行い、結果をデータベース化した。 立体構造予測（by Reverse PSI-BLAST）、機能解析（by BLAST）、モチーフ解析(by prosite)、ファミリー分類(by Pfam)、膜貫通領域予測(by SOSUI)、coiled-coil領域予測(by Multicoil)、繰返し配列解析(by RepAlign)の各結果が登録されている。 | http://spock.genes.nig.ac.jp/~genome/whatgtop.html | PDB, PROSITE, Pfam | 29古細菌、343細菌、66真核生物、172ファージ | http://spock.genes.nig.ac.jp/~genome/org.html | |||
| PMD | Protein Mutant Database | Compilation of protein mutant data | 遺伝研DDBJ | 文科省 | Japan | 辞典 | タンパク質, 変異 | 9847227 | 4 | 2007-02-14 | タンパク質変異の辞書（論文集 | タンパク質の変異について記載された論文を収集したデータベース。 論文情報として、著者、雑誌およびページ、タイトル、PubMedIDが、該当タンパク質の情報として、概要、生物種、N末配列、変異位置とパターン、Swiss-Prot, PIR, PDBへのリンクが掲載されている。 | http://pmd.ddbj.nig.ac.jp/~pmd/whatpmd.html | 45,022論文、213,423変異 | http://pmd.ddbj.nig.ac.jp/~pmd/pmdstat.html | ||||
| Genome Information Broker | Genome Information Broker | DDBJ’s collection of genome databases | 遺伝研DDBJ | 文科省 | Japan | プログラム | DNA, 配列 | 5 | 2007-02-14 | 微生物ゲノム自動アノテーション | 微生物ゲノムを中心に、DDBJへ登録された全長ゲノム配列を収集し、各ゲノム上のORFに対して構造、遺伝子名、機能、特性などを付与してデータベース化。 | http://www.genome.nig.ac.jp/ | DDBJ | 34古細菌、426細菌、6真核生物 | http://gib.genes.nig.ac.jp/menu.php | ||||
| DDBJ - DNA Data Bank of Japan | DDBJ Homepage | All known nucleotide and protein sequences | 遺伝研DDBJ | 文科省 | Japan | データバンク | DNA, 配列 | 16381940 | 7 | 2007-02-14 | 日本核酸配列データバンク | 主として日本の研究者より核酸配列データを受け付けているデータバンクで、米国NCBI (GenBank)、欧州EBI (EMBL)と定期的にデータを交換することで全世界のデータを収集している。 | GenBank, EMBL | 64,267,978エントリ、68,259,314,742塩基 | http://www.ddbj.nig.ac.jp/breakdown_stats/relinfo-j.html | 核酸配列 | |||
| DDBJ/CIB ヒトゲノム情報工房 | 国際DNAデータベースに公開された配列情報を独自の方法で染色体配列を作成し、公開 | 遺伝研DDBJ | 文科省 | Japan | アクセス不可 | 1 | x | ||||||||||||
| CIBEX | cibex | マイクロアレイデータを中心とする遺伝子発現データベース | 遺伝研DDBJ | 文科省 | Japan | データバンク | 遺伝子発現 | 1 | 2007-02-14 | 日本遺伝子発現データバンク | マイクロアレイによる遺伝子発現データの提供を研究者より受付け、公開している。 | http://cibex.nig.ac.jp/index.jsp | 7実験、10マイクロアレイ種類、483ハイブリダイゼーション | 14744116 | http://cibex.nig.ac.jp/index.jsp | マイクロアレイによる遺伝子発現データ | |||
| 実験動物「線虫」変異体データベース | 線虫の遺伝子構造を基礎に、線虫変異体を逆遺伝学的に収集・保存・提供を行っている． | 遺伝研 生物遺伝資源情報センター | 文科省 | Japan | リソース | 0 | 2007-02-14 | ||||||||||||
| JMSR(Japan Mouse Strain Resources Database) | マウス系統の統合検索システム． | 遺伝研 生物遺伝資源情報センター | 文科省 | Japan | リソース | 0 | 2007-02-14 | ||||||||||||
| Silver | Home Page of Silver Project (in Japanese) | 類人猿ゲノム配列データベース | 遺伝研・集団遺伝研究部門 | 文科省 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 脊椎動物, 哺乳類, 霊長類 | 1 | 2007-02-14 | 類人猿ゲノム配列／種間比較結果 | チンパンジーおよびゴリラの塩基配列、ヒトと類人猿の塩基配列の比較結果、類人猿ゲノム計画(Silver)で決定した塩基配列を基にした比較結果を掲載している。 | http://sayer.lab.nig.ac.jp/~silver/index-j.html | DDBJ | |||||
| 古代 DNA データベース(Ancient Genome Encyclopedia : AGE) | Ancient DNA DataBase | 古代 DNA に関する論文の内容を表示・分類している． | 遺伝研斎藤研究室 | 文科省 | Japan | 辞典 | DNA, 配列 | 0 | 2007-02-14 | ||||||||||
| Microbial Genome Workbench | ゲノム配列が公開されているバクテリアおよび古細菌を対象とした遺伝子の検索や各種解析ツール | 遺伝研分子遺伝研究系 | 文科省 | Japan | プログラム | DNA, 配列,タンパク質, 配列 | 微生物, 細菌,微生物, 古細菌 | 0 | 2007-02-14 | ||||||||||
| KEGG Pathway | KEGG PATHWAY Database | Metabolic and regulatory pathways in complete genomes | ゲノムネット | 文科省 | Japan | 知識モデル | 相互作用 | 1 | 2007-02-14 | 生体分子間相互作用の知識モデル | パスウェイ（分子間相互作用）マップを収集したデータベース。 代謝マップ、細胞内外情報伝達マップ、ヒト病気関連マップが収集されている。 | http://www.genome.jp/kegg/pathway.html | |||||||
| BRITE | KEGG BRITE Database | Biomolecular relations in information transmission and expression, part of KEGG | ゲノムネット | 文科省 | Japan | 知識モデル | 相互作用 | 2 | 2007-02-14 | 生体システム関連相互関係の知識モデル | 生体システムに関連する様々な相互関係を階層化して表現したデータベース。 遺伝子オルソログ、タンパク質ファミリー、タンパク質相互作用、化合物と反応、薬剤、病気などが含まれる。 | http://www.genome.jp/kegg/brite.html | |||||||
| Glycan | KEGG Glycan Structure Search using KCaM | Carbohydrate database, part of the KEGG system | ゲノムネット | 文科省 | Japan | プログラム | 糖 | 1 | 2007-02-14 | 糖鎖関連パスウェイ | 糖鎖の構造および関連するパスウェイをKEGG, CarbBank, 論文より収集したデータベース。 糖鎖の可能な構造を生成するツールも含まれる。 KEGG LIGANDの一部。 | http://www.genome.jp/kegg/glycan/ | KEGG, CarbBank | 16014746 | |||||
| DBGET | DBGET Search | 広範囲にわたる分子生物学データベースに対する単純なデータベース取得システム． | ゲノムネット | 文科省 | Japan | プログラム | 1 | 2007-02-14 | KEGGデータベース簡易検索システム | KEGGおよび一般的な分子生物学データベースをキーワードで検索する簡易インターフェース。 | http://www.genome.ad.jp/dbget/ | KEGG (PATHWAY, BRITE, GENES, LIGAND, EXPRESSION, AAindex), GenBank, EMBL, RefSeq, UniProt, PIR, PRF, PDB, prosite, blocks, prodom, print, pfam, OMIM, PMD, CarbBank, litdb, prosdoc | |||||||
| AAindex | AAindex: Amino acid index database | Physicochemical properties of amino acids | ゲノムネット | 文科省 | Japan | 知識モデル | タンパク質, アミノ酸特性 | 10592278 | 1 | 2007-02-14 | アミノ酸特性値の辞書 | 20種のアミノ酸の物理化学的・生物学的特性値（インデックス）、およびアミノ酸間の類似度のマトリクスを収集したデータベース。 | http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show_man?aaindex | 544インデックス、94マトリクス | http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show_man?aaindex | ||||
| LIGAND | KEGG LIGAND Database | Chemical compounds and reactions in biological pathways | ゲノムネット | 文科省 | Japan | プログラム | 相互作用 | 11752349 | 2 | 2007-02-14 | 生体関連化学物質 | 生命現象に関連した化学物質とその反応を収集したデータベース。 COMPOUND, DRUGS, GLYCAN, REACTION, RPAIR, ENZYME(Enzyme Nomenclature由来) よりなる。 | http://www.genome.jp/kegg/ligand.html | ||||||
| KEGG | KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes | Kyoto encyclopedia of genes and genomes: databases on genes, proteins, and metabolic pathways | ゲノムネット | 文科省 | Japan | カタログ | 相互作用 | 16381885 | 1 | 2007-02-14 | KEGGシステムポータルサイト | KEGGシステム全体のトップページ。 配下にPATHWAY, BRITE, GENES, LIGAND, DRUG, CLYCAN, REACTION, KAASがある。 | Enzyme Nomenclature | ||||||
| MBGD | MBGD: Microbial Genome Database for Comparative Analysis | Microbial genome database for comparative analysis | ゲノムネット | 文科省 | Japan | プログラム | 比較ゲノム | 微生物, 酵母,微生物, 細菌,微生物, 古細菌 | 12519947 | 3 | 2007-02-14 | 微生物遺伝子間のオルソログ／ホモログ | ゲノム全長配列が得られている微生物について、遺伝子のオルソログおよびホモログの関係を記述することで相互の比較を可能にしたデータベース。 | http://mbgd.genome.ad.jp/doc/intro.html | |||||
| BSORF | BSORF Top Page | Bacillus subtilis genome database at Kyoto U. | ゲノムネット | 文科省 | Japan | プロジェクト | 微生物, 枯草菌 | 2 | 2007-02-14 | 枯草菌ゲノム／アノテーション | 枯草菌ゲノム上のORFとそのアノテーション、対応する変異株、マイクロアレイによる遺伝子発現パターンが掲載されている。 | http://bacillus.genome.jp/ | |||||||
| MAGEST | MAGEST top page | 脊索動物尾索類であるマボヤのESTデータベース。 | ゲノムネット | 文科省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 無脊椎動物, ホヤ | 11752271 | 4 | 2007-02-14 | マボヤEST | マボヤESTおよびそのクラスタリング結果のデータベース。 | http://www.genome.jp/magest/about.html | 32,660クローン、7,902クラスタ | http://www.genome.jp/magest-bin/magest_current_status.rb | |||
| ODB | Operon DataBase | Operon database | 京大化研 | 文科省 | Japan | 知識モデル | DNA, 配列 | 16381886 | 1 | 2007-02-14 | オペロンの知識モデル | 多数の種のオペロンを論文やデータベースから収集し再構成したデータベース。 予測によるオペロン候補探索を行う機能がある。 | http://odb.kuicr.kyoto-u.ac.jp/about.html | ||||||
| GenomeNet:ゲノムネット | 生物学・医学のデータベースと解析ツールが掲載． | 京大化研 | 文科省 | Japan | 解析サービス | 7 | 2007-02-14 | ||||||||||||
| EXPRESSION | KEGG EXPRESSION | マイクロアレイによる遺伝子発現情報のデータベース． | 京大化研 | 文科省 | Japan | プログラム | 遺伝子発現 | 1 | 2007-02-14 | マイクロアレイ遺伝子発現データ | マイクロアレイによる遺伝子発現データをKEGG genomeおよびKEGG pathwayへ統合することを目的として構築された。 ラン藻、枯草菌、大腸菌、ヒト、出芽酵母の発現データが登録されている。 | http://www.genome.jp/kegg/expression/ | |||||||
| リンク情報データベースLinkDB | LinkDB Search | 様々なプロジェクトで構築されている分子生物学データベース間の関連情報を網羅的に抽出 | 京大化研 | 文科省 | Japan | プログラム | 1 | 2007-02-14 | 公共DB間クロスリファレンス | 分子生物学分野の多数のデータベースの間で構築したクロスリファレンス。 あるデータベースのあるエントリについて、他のデータベース中の対応するデータを網羅的に検索できる。 | http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www_linkdb | ||||||||
| CYORF (Cyanobacteria Gene Annotation Database) | CYORF Cyanobacteria Gene Annotation Database | らん藻遺伝子の機能アノテーションデータベース | 京大化研 | 文科省 | Japan | プロジェクト | アノテーション | 微生物, シアノバクテリア | 0 | 2007-02-14 | シアノバクテリア遺伝子アノテーションワークベンチ | シアノバクテリア研究コミュニティーが遺伝子アノテーションを行うためのワークベンチ。 一般ユーザはデータの検索、参照、一括ダウンロードが可能。 | http://cyano.genome.jp/ | 17211581 | |||||
| SSDB (Sequence Similarity Database) | KEGG SSDB Database | 遺伝子間の関連を示すジーンユニバースデータベース． | 京大化研 | 文科省 | Japan | プログラム | 比較ゲノム | 1 | 2007-02-14 | アミノ酸配列相互の比較結果 | 既知のゲノム上のタンパク質コーディング遺伝子について、そのアミノ酸配列を相互に比較した結果を整理したデータベース。 | http://www.genome.jp/kegg/ssdb/ | |||||||
| PDBSTR | DBGET search - PDBSTR | タンパク質、核酸の立体構造データベース． | 京大化研 | 文科省 | Japan | プログラム | タンパク質, 立体構造 | 0 | 2007-02-14 | ||||||||||
| GENES | KEGG GENES Database | 遺伝子のアミノ酸配列を蓄積したもの． | 京大化研 | 文科省 | Japan | プログラム | タンパク質, 配列 | 1 | 2006-06-15 | 既知ゲノム上遺伝子配列 | 既知のゲノム上の遺伝子を公開済みデータより収集し、他のKEGGシステムと統合して利用できるようIDを割り当てた。 | RefSeq | |||||||
| GLIDA | Welcome to GLIDA | G-protein coupled receptors ligand database | 京大薬学部(辻本先生) | 文科省 | Japan | プログラム | 相互作用 | 16381956 | 1 | 2007-02-10 | Gタンパク質共役レセプタ?リガンド相互作用 | Gタンパク質共役レセプタとリガンドの相互作用が公開データベースより収集され結合されている。 | GPCRDB, IUPHAR, PubMed, PubChem, MDL ISIS/Base | ||||||
| ライフサイエンス辞書 | ライフサイエンス辞書 | 広範な生命科学（ライフサイエンス）の学問領域で使われる専門用語，対訳，用法，各種の統計情報を分析，収集し，辞書，ツールをを作成 | 京都大学大学院薬学系 | 文科省 | Japan | 知識モデル | 文献 | 0 | 2007-02-14 | ライフサイエンス分野の用語の辞書 | ライフサイエンス分野で使用される専門用語の辞書。 英和検索、和英検索、共起検索が可能で、用語の論文アブストラクト中における用例を確認できる。 | http://lsd.pharm.kyoto-u.ac.jp/ja/index.html | 40,000語以上 | http://lsd.pharm.kyoto-u.ac.jp/ja/index.html | |||||
| siDirect | siDirect は、ヒトおよびマウスの遺伝子配列を受け取ると、siRNA配列を短時間で計算するウェブサーバー | 東大 | 文科省 | Japan | 解析サービス | 0 | 2007-02-14 | ||||||||||||
| UT Genome Browser (Medaka) | UT Genome Browser (Medaka) | メダカゲノムのドラフト配列の公開 機械的なアノテーション（EST, 遺伝子予測, 他種との比較ゲノム） | 東大 | 文科省 | Japan | プロジェクト | 脊椎動物, 魚類 | 0 | x | 2007-02-14 | |||||||||
| JSNP | JSNPs Home | Japanese SNP database | 東大医科研 | 文科省 | Japan | プロジェクト | DNA, 多型 | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト | 11752280 | 3 | 2007-02-14 | 日本人の遺伝子多型 | 日本人集団において、遺伝子もしくはその近傍に一般的に見られる多様性を収集したデータベース。 | 11752280 | 197,157 SNP（うち84,612はアレル頻度あり） | http://snp.ims.u-tokyo.ac.jp/ | |||
| Full-Toxoplasma | Toxoplasma Full-Length cDNA Project (T.gondii) | ヒトに寄生するトキソプラズマ（Toxoplasma gondii）の全長cDNAデータベース | 東大医科研 | 文科省 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 無脊椎動物, 寄生虫 | 0 | 2007-02-14 | トキソプラズマ全長cDNA | トキソプラズマより全長cDNAクローンを作成し、その解析結果を公開したデータベース。 各クローンのESTはドラフトゲノム配列（コンティグ）にマップされている。 | http://fullmal.hgc.jp/tg/docs/toxoplasma.html | ||||||
| HAL | HAL top | 信頼性の高い遺伝子発見プログラム群を用いて作成したヒトゲノムの網羅的で体系的なアノテーション | 東大医科研 | 文科省 | Japan | プログラム | アノテーション | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト | 0 | 2007-02-13 | |||||||||
| DBTSS | DBTSS HOME | 各種の生物種の遺伝子転写開始点とその上流の転写制御配列に関するデータベース。 | 東大医科研 | 文科省 | Japan | プロジェクト | DNA, 制御領域 | 16381981 | 2 | 2007-02-14 | 転写開始位置 | 全長cDNAクローンのESTをゲノムにマップすることで転写開始点を決定しデータベース化した。 現在の対象はヒト、マウス、ゼブラフィッシュ、マラリア原虫、原始紅藻。 | UCSC | 611,308 TSS、37,647遺伝子座 | http://dbtss.hgc.jp/cgi-bin/statistics.cgi?SEE=1&UID=2&SPI=00 | ||||
| Full-Malaria | Malaria Full-Length cDNA Project (P.falciparum) | Full-length cDNA library from erythrocytic-stage Plasmodium falciparum | 東大医科研 | 文科省 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 無脊椎動物, 寄生虫 | 14681428 | 2 | 2007-02-14 | マラリア原虫全長cDNA | ヒトマラリア原虫(2種)、マウスマラリア原虫(2種)より全長cDNAクローンを作成し、その解析結果を公開したデータベース。 各クローンのESTは公開済みESTとともにゲノムにマップされている。 マラリア原虫ゲノム間の相同性をTBLASTXにより確認した結果も登録されている。（P.falciparumゲノムをテンプレートに、他の種のコンティグをマップ） | http://fullmal.hgc.jp/docs/aboutdb.html | 9,545エントリ | http://fullmal.hgc.jp/docs/statistics2.html | |||
| BodyMap | BODYMAP - INDEX | Human and mouse gene expression data | 東大医科研 | 文科省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 脊椎動物, 哺乳類, マウス,脊椎動物, 哺乳類, ヒト | 11125076 | 5 | 2007-02-14 | 遺伝子発現パターン | ヒト、マウスの遺伝子発現を組織、細胞の種類ごとに解析した結果のデータベース。 遺伝子発現は3' ESTをベースに解析されている。 | http://bodymap.ims.u-tokyo.ac.jp/summary.php | 18,998GS、180,759配列（ヒト）、16,772GS、130,698配列（マウス） | http://bodymap.ims.u-tokyo.ac.jp/summary.php | |||
| CGED | Cancer gene expression database | 東大医科研HGC | 文科省 | Japan | アクセス不可 | 2 | x | ||||||||||||
| DBTGR | DBTGR - DataBase of Tunicate Gene Regulation | A database of tunicate (Ciona) gene regulation | 東大医科研HGC | 文科省 | Japan | 知識モデル,注釈 | 相互作用 | 無脊椎動物, ホヤ | 16381930 | 1 | 2007-02-14 | ホヤ遺伝子発現制御の知識モデル | ホヤ遺伝子の発現位置、制御領域、プロモータ配列、転写因子をまとめたデータベース。 プロモータの種間比較 (C.intestinalis .vs. C.savignyi) を掲載。 | http://dbtgr.hgc.jp/ | JGI Ciona Intestinalis genome ver.1.00 | ||||
| DBTBS | DBTBS | Bacillus subtilis promoters and transcription factors | 東大医科研HGC | 文科省 | Japan | 知識モデル | DNA, 制御領域 | 微生物, 枯草菌 | 14681362 | 2 | 2007-02-14 | 枯草菌プロモータ／転写因子の知識モデル | 枯草菌の転写制御に関連するプロモータ、転写因子、制御される遺伝子の情報を収集したデータベース。 論文を情報源として、実験的に検証された対象のみを収集している。 | 14681362 | SubtiList(遺伝子の分類), Pfam(転写因子の分類) | 121転写因子、1,081オペロン、620TSS | http://dbtbs.hgc.jp/statistics.html | ||
| GENA (Gene Name Dictionary) | GENA Search Page | 遺伝子と遺伝子産物の正式名、シンボル（記号）、同義語を容易に見つけることができるデータベース. | 東大医科研HGC | 文科省 | Japan | 知識モデル | 文献 | 0 | 2007-02-14 | ||||||||||
| Kinase Pathway Database | Kinase Database | ゲノム配列が決定された主な真核生物のキナーゼに関する統合データベース. | 東大医科研HGC | 文科省 | Japan | プログラム | 相互作用 | 1 | 2007-02-14 | キナーゼのパスウェイ | ゲノム配列決定済みの主な真核生物について、タンパク質キナーゼが収集され、クラスおよび機能、生物間のオルソログ関係、タンパク間相互作用、ドメイン、構造の各情報とともに掲載されている。 タンパク間相互作用は、文献の自然言語処理により取得している。 | http://kinasedb.ontology.ims.u-tokyo.ac.jp:8081/comment/about_PKD.html | タンパク質18,902エントリ、相互作用78,029エントリ | 12799355 | http://kinasedb.ontology.ims.u-tokyo.ac.jp:8081/comment/about_PKD.html | ||||
| Protein Interaction Prediction Server (PIPS) | 配列からタンパク質の相互作用を予測するシステム. | 東大医科研HGC | 文科省 | Japan | 解析サービス | 0 | 2007-02-14 | ||||||||||||
| PRIME (PRotein Interaction and Molecular information databasE) | PRIME | ゲノム配列が決定された主な真核生物のキナーゼに関する統合データベース. | 東大医科研HGC | 文科省 | Japan | プログラム | 相互作用 | 0 | 2007-02-14 | ||||||||||
| KEGG DAS | ゲノムが決定された生物種の配列と分散アノテーション（DAS）情報 | 東大医科研HGS | 文科省 | Japan | 解析サービス | 0 | 2007-02-14 | ||||||||||||
| INOH pathway database | INOH Pathway Database | グラフ表現とオントロジーアノテーションにより、高付加価値情報を文献から抽出したモデル生物のパスウエイデータベース | 東京大学新領域創成科学 | 文科省 | Japan | 知識モデル | 相互作用 | 0 | 2007-02-14 | ||||||||||
| BloodSAGE | Comparison Between Two Libraries | ヒト血液系発現頻度プロファイル | 東京大学新領域創成科学 | 文科省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| GenomeSURF | プライマ、オリゴマ設計のための頻度分布情報 | 東京大学新領域創成科学 | 文科省 | Japan | アクセス不可 | 0 | 2006-10-12 | ||||||||||||
| Gene Resource Locator | Alignment of ESTs with finished human sequence | 東大新領域 | 文科省 | Japan | アクセス不可 | 11752299 | 5 | 2007-02-14 | |||||||||||
| SCMD | SCMD Saccharomyces Cerevisiae Morphological Database | Saccharomyces cerevisiae morphological database: micrographs of budding yeast mutants | 東大新領域 | 文科省 | Japan | プロジェクト | 形態,遺伝子発現 | 微生物, 酵母 | 14681423 | 4 | 2007-02-14 | 出芽酵母変異株の形態 | 出芽酵母の変異株の形態を分類したデータベース。 形態写真からの特徴抽出およびその分類は計算機的に行われている。 | 14681423 | 4,782変異株、1,899,247細胞 | http://scmd.gi.k.u-tokyo.ac.jp/datamine/ | |||
| 5'SAGE | 5 prime sage search | 5'-end serial analysis of gene expression | 東大新領域 | 文科省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト | 2 | 2007-02-14 | ヒト5' SAGE遺伝子発現 | ヒト遺伝子の転写開始位置および発現頻度を5' SAGE法により解析し、その結果をデータベース化した。 | 15608259 | 15608259 | |||||
| Medaka EST database | index | ESTデータ、迅速変異マッピングシステム、オリゴチップ Medaka Microarray 8Kに関する情報を提供 | 東大大学院理学系研究科 | 文科省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 脊椎動物, 魚類 | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| 遺伝子発現ﾌﾟﾛﾌｧｲﾙ | Home | SAGE 法による遺伝子発現ﾌﾟﾛﾌｧｲﾙ | 東京大学大学院医学系研究科分子予防医学教室 | 文科省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| 線虫の生殖腺関連遺伝子のRNAi結果 | IINO lab. Germline index | 線虫の生殖腺特異的発現168遺伝子を対象にRNAi法を用いて機能阻害を行った結果を記載 | 東大遺伝子実験施設 | 文科省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 無脊椎動物, 線虫 | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| SilkBase | SilkBase Top Page | カイコ Bombyx mori（鱗翅目カイコガ科の昆虫）のESTデータベース。今のところ約30,000個のcDNAの5'端塩基配列が登録されている。三田和英博士（農業生物資源研）ほかとの共同研究により作成した。 | 東大 大学院 農学生命科学研究科生産・環境生物学専攻 昆虫遺伝研究室 | 文科省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 無脊椎動物, 昆虫 | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| Bombyx Mutants Photographs | Silkworm Bombyx mori ESTs, mutants, photographs | 東大農学部 | 文科省 | Japan | 0 | 2007-02-14 | |||||||||||||
| カイコ完全長cDNAデータベース | Insect Genome Databases, IGB lab., Univ. of Tokyo | カイコの完全長cDNA配列データベース | 東京大学大学院農業生命科学研究課 | 文科省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 無脊椎動物, 昆虫 | 1 | 2007-02-14 | カイコ完全長cDNA配列 | カイコ完全長cDNAクローンのEST配列が登録されている。 | http://papilio.ab.a.u-tokyo.ac.jp/kanzencdna/ | ||||||
| SBMデータベース（Systems Biology and Medicine Database） | LSBM | ヒトの包括的な遺伝子発現データベース． | 東大RCASTシステム生物医学ラボラトリー | 文科省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 0 | 2007-02-14 | ヒト組織・細胞の遺伝子発現 | 「RefExA」は、ヒト正常組織、正常細胞、ガン細胞の様々な株について遺伝子発現を解析した結果が収録されている。 「LSBM GeNet」は、各種疾病状態の細胞、薬剤投与細胞の遺伝子発現解析結果が収録されている。 「HUVEC DB」は、HUVEC（ヒト血管内皮細胞）にTNF-alphaなどの刺激を与えた際の遺伝子発現変化を解析した結果が収録されている。 いずれも遺伝子発現はGeneChipを用いて解析されている。 | http://www.lsbm.org/database/index.html | |||||||
| 薬物トランスポーター情報統合データベース | トランスポータに関する統合的なデータベース | 東京大学大学院薬学系研究科 | 文科省 | Japan | 辞典 | 薬物 | 0 | 2007-02-14 | 薬物トランスポーターに関する辞書 | 薬物トランスポーターに関する情報を収集したデータベース。 トランスポーター、発現組織、その対象となる化合物、薬剤間相互作用、対応するKOマウス／ラット、対応する病態生理、遺伝的多型、関連する遺伝病が収録されている。 | http://125.206.112.67/tp-search/index.html | ||||||||
| MitoFish (魚類ミトコンドリアデータベース) | MitoFish - Mitochondrial Genome Database of Fish | 魚類のミトコンドリアゲノムデータを収集 | 東京大学海洋学研究所 | 文科省 | Japan | プログラム | DNA, 配列 | 脊椎動物, 魚類 | 0 | 2007-02-14 | 魚類のミトコンドリアゲノム配列 | 魚類のミトコンドリアゲノム配列をGenBankおよびRefSeqより収集し、種分類に関する情報をFishBase, NCBI Taxonomy Browser, The Catalog of Fishes, Fish Database of Japan より、文献情報をPubMedより、関連配列をDDBJより取得して関連付けたデータベース。 | http://mitofish.ori.u-tokyo.ac.jp/ | GenBank, DDBJ, RefSeq, PubMed, FishBase, NCBI Taxonomic Browser, The Catalog of Fishes, Fish Database of Japan | 全長配列：327種、部分配列：8,255種 | http://mitofish.ori.u-tokyo.ac.jp/about/history | |||
| GiiB-JST mtSNP | mtSNP Database e | ミトコンドリアゲノム多型の相互連鎖、疾患関連、機能的相違に関する総合情報を提供 | JST | 文科省 | Japan | 辞典 | DNA, 多型 | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト | 1 | 2007-02-14 | ヒトミトコンドリアゲノム多型の辞書 | 7種（各96人）の疾患患者のミトコンドリアゲノムを収集して比較し、その多型分布を解析。 個体間の機能的な差異をその多型の組と関連付ける形でデータベース化。 | http://toki.giib.or.jp/mtsnp/index_e.shtml | ||||||
| 病原微生物統合データベース | 病原微生物統合データベース． | JST | 文科省 | Japan | リソース | 0 | 2007-02-14 | ||||||||||||
| HOWDY | Welcome to HOWDY !! | Human organized whole genome database | JST | 文科省 | Japan | プログラム | DNA, 配列 | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト | 11752279 | 4 | 2007-02-14 | ヒトゲノム自動アノテーション | 世界で公開されているデータベース中のヒトゲノムデータを収集し、染色体上に各エントリを貼り付けることで相互に関連付けたデータベース。 | http://howdy.jst.go.jp/HOWDYCL/DB_RELEASE.cgi | GDB, HUGO, EntrezGene, UniProt, dbSNP, JSNP, GenBank/EMBL/DDBJ, UniGene, OMIM, ALIS-HGS | ||||
| HGS (Human Genome Sequencing) | JST Humen Genome Sequencing Home Page | ヒトの第1・3・6・8・9・21・22染色体データベース． | JST | 文科省 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| GDBJAPAN | The GDB Human Genome Database | ヒト遺伝子地図情報 | JST | 文科省 | プロジェクト | DNA, 配列 | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト | 1 | 2007-02-14 | ヒトゲノム／アノテーション | ヒトゲノムプロジェクトで収集されたを染色体ごとに掲載。 マップ（遺伝子、RH、FISH、転写産物）、配列、疾患関連遺伝子座が掲載され、アノテーションは外部サイト（Ensembl、Genome Channel (ORNL)、Golden Path、Celera、Incyte）へのリンクが掲載されている。 | http://www.gdb.org/ | 9399808 | ||||||
| RARGE | RARGE- RIKEN Arabidopsis Genome Encyclopedia | RIKEN Arabidopsis genome encyclopedia: cDNAs, mutants and microarray data | 理研GSC | 文科省 | Japan | プロジェクト | 植物, シロイヌナズナ | 4 | 2007-02-14 | シロイヌナズナ研究ポータルサイト | 理研で行われているシロイヌナズナ研究に関連するデータおよびリソースの検索サイト。 全長cDNA、マイクロアレイ実験結果、トランスポゾン変異株、遺伝子のゲノム上の位置とスプライスパターンが登録されている。 | http://rarge.gsc.riken.jp/ | 224,336全長cDNA、16,662トランスポゾン変異株 | http://rarge.gsc.riken.jp/ | |||||
| ARTADEdb | Genome-Phenome Superbrain Project ARTADE | Arabidopsis tiling-array-based detection of exons | 理研GSC | 文科省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 植物, シロイヌナズナ,植物, シロイヌナズナ | 1 | 2007-02-14 | シロイヌナズナエキソンの検証結果 | 理研でシロイヌナズナのエキソンをタイリングアレイで検出し、その結果をまとめたデータベース。 データ解析に使用するプログラムを併せて公開している。 | http://omicspace.riken.jp/ARTADE/ | 16098113 | |||||
| FANTOM | FANTOM3::Databases | Functional annotation of mouse full-length cDNA clones | 理研GSC | 文科省 | Japan | 注釈 | アノテーション | 脊椎動物, 哺乳類, マウス | 1 | 2007-02-14 | マウス全長cDNAに関する注釈書 | マウス全長cDNAクローンの配列に対するアノテーションのデータベース。 （転写開始位置情報として）CAGE tags, GSC ditags情報も併用されている。 | http://fantom3.gsc.riken.jp/ | 16141072 | |||||
| FREP | FREP: Functional Repeats in Mouse cDNAs | Functional repeats in mouse cDNAs | 理研GSC | 文科省 | Japan | プログラム | DNA, モチーフ | 脊椎動物, 哺乳類, マウス | 14681460 | 2 | 2007-02-14 | マウスcDNA機能リピート配列 | マウスcDNA配列のCDS領域に見られ、分子的機能を持つことが予測される繰返し配列を収集したデータベース。 cDNA/ゲノム上の位置、polyAシグナル位置、タンパク（に翻訳された際の）モチーフ、関連するMeSH term が記載されている。 | http://facts.gsc.riken.go.jp/FREP2/ | 89,761繰り返し配列、37,017 cDNA | http://facts.gsc.riken.go.jp/FREP2/ | |||
| CAGE | CAGE Basic Viewer | CAGE tags for cap-analysis of gene expression | 理研GSC | 文科省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 脊椎動物, 哺乳類, マウス,脊椎動物, 哺乳類, ヒト | 16381948 | 1 | 2007-02-14 | CAGE遺伝子発現／転写開始位置 | CAGEタグのゲノムに対するマッピング結果のデータベース。 ヒトおよびマウスで組織ごと、発生ステージごとのライブラリを構築し、UCSC (golden path) ゲノムに対してマッピングしている。 マッピング結果はFANTOMで参照されている。 | 16381948 | UCSC | 23組織、145ライブラリ、11,567,973タグ | http://fantom31p.gsc.riken.jp/cage/mm5/ | ||
| EICO DB | EICO DB | Expression-based imprint candidate organiser: a database for discovery of novel imprinted genes | 理研GSC | 文科省 | Japan | プログラム | 遺伝子発現,アノテーション | 脊椎動物, 哺乳類, マウス | 14681478 | 2 | 2007-02-14 | マウスのインプリンティング遺伝子の発現 | マウスのインプリンティング遺伝子候補とその遺伝子発現をマイクロアレイで確認した結果のデータベース。 該当遺伝子上のSNP、ヒトゲノム上の関連領域も記述されている。 新規のインプリンティング遺伝子の探索を目的とする。 | 14681478 | |||||
| PFGWEB, トランスポゾン挿入変異体データベース | Plant Functional Genomics Research Group: Transposon Mutants | シロイヌナズナのトランスポゾン挿入変異体約12,000ラインの挿入位置情報や近傍遺伝子を公開 | 理研GSC | 文科省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 植物, シロイヌナズナ | 0 | 2007-02-14 | シロイヌナズナ・トランスポゾン変異株の概要紹介 | トランスポゾン変異株データベースの概要を記述したページ。 | http://pfgweb.gsc.riken.go.jp/pjAcds.html | ||||||
| RARGE, トランスポゾン挿入変異体データベース | RARGE [Ac/Ds Transposon Mutants] | シロイヌナズナのトランスポゾン挿入変異体約12,000ラインの挿入位置情報や近傍遺伝子を検索 | 理研GSC | 文科省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 植物, シロイヌナズナ | 4 | 2007-02-14 | シロイヌナズナ・トランスポゾン変異株 | シロイヌナズナ・トランスポゾン変異株の挿入位置とその近傍遺伝子。 RARGEの一部。 | http://rarge.gsc.riken.go.jp/dsmutant/index.pl | 15840642 | |||||
| データ統合検索システム（GPS:Genome-Phenome Superhighway） | Genome-Phenome Superbrain Project - Home | Forward Genetics、Reverse Genetics、Data Integration等を連携させた統合システム． | 理研GSC | 文科省 | Japan | 解析プログラム | アノテーション | 1 | 2007-02-14 | ||||||||||
| FACTS | FACTS (FACTS - Functional Association/Annotation of cDNA Clones from Text/Sequence Sources) | 遺伝子に、文献情報をマッピングしたデータベース． | 理研GSC ゲノム情報先端技術研究グループ | 文科省 | Japan | プログラム | 文献 | 0 | 2007-02-14 | マウスcDNA?文献リンク | 理研マウス全長cDNAクローンに対して文献情報をマップしたデータベース。 配列より相同性検索で予測された機能と、文献よりキーワードベースで取得された機能情報を連結することで構築されている。 | http://facts.gsc.riken.go.jp/ | PubMed, GO, OMIM, BIND, DIP, FANTOM2 | 12819151 | |||||
| RAFL cDNAs | RARGE -RAFLcDNA search- | シロイヌナズナの完全長cDNA情報のデータベース． | 理研GSC 植物ゲノム機能情報研究グループ | 文科省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 植物, シロイヌナズナ | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| MAEDA (Micro Array Expression DAta search) | RARGE - Micro Array Expression Data search | シロイヌナズナの遺伝子発現データベース． | 理研GSC 植物ゲノム機能情報研究グループ | 文科省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 植物, シロイヌナズナ | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| シロイヌナズナ完全長cDNAクローンカタログ | RIKEN Arabidopsis Full-Length Clone Database Search | シロイヌナズナの完全長cDNAクローンのカタログ． | 理研バイオリソースセンター(BRC)実験植物開発室 | 文科省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 植物, シロイヌナズナ | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| . ヒメツリガネゴケ完全長cDNAクローンカタログ | Physcomitrella patens Full-Length cDNA Clone Database Search | ヒメツリガネゴケの完全長cDNAクローンのカタログ。 | 理研バイオリソースセンター(BRC)実験植物開発室 | 文科省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 植物, ヒメツリガネゴケ | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| GETDB - Gal4 Enhancer Trap Insertion Database - | GET DB - Gal4 Enhancer Trap Insertion Database | ショウジョウバエにおいてGal4-UAS法に基づくエンハンサートラップ系統をNPコンソーシアムとして約４６００の挿入系統を作成し、すべてを検定。 | 理研 発生・再生科学総合研究センター | 文科省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 無脊椎動物, ショウジョウバエ | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| eF-site | eF-site | Electrostatic surface of Functional site: electrostatic potentials and hydrophobic properties of the active sites | 大阪大学 | 文科省 | Japan | プログラム | タンパク質, 立体構造 | 2 | 2007-02-14 | タンパク質機能部位の表面特性 | タンパク質の機能部位の表面の特性を算出したデータベース。 PDB構造を素材に、静電ポテンシャル表面、疎水的特性、Connolly表面を計算し、その結果をデータベース化している。 | http://ef-site.protein.osaka-u.ac.jp/eF-site/about.html | PDB | 14871866 | |||||
| 日本蛋白質構造データバンク (PDBj) | PDBj Japanese Home | 蛋白質および生体高分子の立体構造データベースとそれに関連する二次データベース | 大阪大学蛋白質研究所・附属プロテオミクス総合研究センター | 文科省 | Japan | データバンク | タンパク質, 立体構造 | 1 | 2007-02-14 | 日本タンパク質構造データバンク | タンパク質立体構造のデータバンクの日本ノード。 米国RCSB、欧州MSD-EBIと共同でwwPDBを運営している。 | http://www.pdbj.org/index_j.html | タンパク質立体構造 | ||||||
| eProtS (タンパク質構造百科辞典) | eProts - top | タンパク質の構造と機能について解説したもの． | 大阪大学蛋白質研究所付属プロテオミクス総合研究センター蛋白質情報科学研究系 | 文科省 | Japan | 辞典 | タンパク質, 立体構造 | 0 | 2007-02-14 | タンパク質立体構造の辞書 | 生物学的に重要なタンパク質について、立体構造およびタンパク質の解説が収録されている。 収録タンパク質はグループに分類されている。 | http://eprots.protein.osaka-u.ac.jp/eProtS/Top.jsp | PDB | ||||||
| PRF | Protein Research Foundation | Top page | Protein research foundation database of peptides: sequences, literature and unnatural amino acids | PRF（蛋白質研究奨励会) | 文科省 | Japan | 辞典 | タンパク質, 配列 | 1 | 2007-02-14 | タンパク質配列・文献の辞書 | タンパク質文献データベースであるPRF/LITDB、アミノ酸配列データベースであるPRF/SEQDB、合成物質データベースであるPRF/SYNDBが掲載されている。 データはいずれも文献より取得している。 | 555,856文献、709,985配列、208,995合成物質 | http://www.prf.or.jp/en/ | ||||||
| 蛋白質・核酸複合体構造データベース | Protein-Nucleic Acid complex database: Overview | 蛋白質と核酸の複合体構造を集めたデータベースで、認識モチーフや構造型にしたがって分類 | 九工大(皿井先生) | 文科省 | Japan | プログラム | タンパク質, 立体構造 | 0 | 2007-02-14 | ||||||||||
| 3DinSight | 3DinSight: Overview | 生体分子の構造、機能と物性に関するデータを統合するためのバックボーンデータベース。 | 九工大(皿井先生) | 文科省 | Japan | プログラム | タンパク質, 立体構造 | 0 | 2007-02-14 | ||||||||||
| TRSIG（翻訳シグナルデータベース | Database on Translational Signals - overview | 植物を対象にmRNAの翻訳レベルでのシグナル配列と機能活性データを集めたデータベース | 九工大(皿井先生) | 文科省 | Japan | 知識モデル | DNA, 制御領域 | 0 | 2007-02-14 | ||||||||||
| ProTherm | ProTherm Database | Thermodynamic data for wild-type and mutant proteins | 九工大(皿井先生) | 文科省 | Japan | 知識モデル | タンパク質, 立体構造 | 16381846 | 2 | 2007-02-14 | タンパク質の熱力学的パラメータの辞書 | 野生型および変異型のタンパク質について、熱力学的パラメータを中心に、2次構造、接触可能性、実験条件、手法、活性を収集したデータベース。 収集されるパラメータはGibbs自由エネルギー、エンタルピー変化、熱容量変化、相転移温度。 | http://gibk26.bse.kyutech.ac.jp/jouhou/protherm/protherm.html | 19,893エントリ | 16381846 | http://gibk26.bse.kyutech.ac.jp/cgi-bin/jouhou/protherm/pp_stat.pl | |||
| Gallery of Biomolecules | Biomolecules Gallery: Base amino acid interactions | 分子構造の画像データベース． | 九工大(皿井先生) | 文科省 | Japan | 辞典 | タンパク質, 立体構造 | 0 | 2007-02-14 | ||||||||||
| 生体分子・リガンド相互作用データベース、ProLINT | ProLINT: Overview | 生体分子とリガンドの相互作用に関する定量的な実験データを文献から集めたデータベース。 | 九工大(皿井先生) | 文科省 | Japan | 知識モデル | 相互作用 | 0 | 2007-02-14 | タンパク質?リガンド相互作用の辞書 | タンパク質?リガンド相互作用の情報を文献より収集したデータベース。 リガンド（名称、分子構造、分子量など）、タンパク質（名称、生物種、PIR/SWISS-PROT/PDBにおけるIDなど）、実験情報（結合活性／阻害活性の値など）、文献情報が記述されている。 | http://dna01.bse.kyutech.ac.jp/jouhou/prolint/prolint_more.html | |||||||
| アミノ酸・塩基相互作用データベース | Base-Amino Acid Interation Database: Overview | アミノ酸と塩基の特異的相互作用を検索するためのデータベース | 九工大(皿井先生) | 文科省 | Japan | プログラム | 相互作用 | 0 | 2007-02-14 | ||||||||||
| ProNIT | ProNIT: Database for Protein-Nucleic Acid Interactions | Thermodynamic data on protein-nucleic acid interactions | 九工大(皿井先生) | 文科省 | Japan | 知識モデル | 相互作用 | 16381846 | 2 | 2007-02-14 | タンパク質?核酸間の熱力学的相互作用の知識モデル | タンパク質?核酸間の実験的に決定された熱力学的相互作用を収集したデータベース。 タンパク質側情報、核酸側情報、文献情報、熱力学的パラメータ（結合定数、自由エネルギー変化、エンタルピー変化、熱容量変化）が収集されている。 | http://gibk26.bse.kyutech.ac.jp/jouhou/pronit/pronit.html | 6,968エントリ | 16381846 | http://gibk26.bse.kyutech.ac.jp/cgi-bin/jouhou/pronit/new/pronit_stat.pl | |||
| dbQSNP | dbQSNP public | Quantification of SNP allele frequencies database | 九州大学(林先生) | 文科省 | Japan | プロジェクト | DNA, 多型 | 2 | 2007-02-14 | ヒト遺伝子プロモータ領域の多型 | ヒト遺伝子のプロモータ領域（主としてTSSより1.0k上流および0.2k下流まで）に存在するSNPについて、配列とアレル頻度情報（実験データ）を収集したデータベース。 SNPのタイピングと定量化はSSCP解析による。 | http://qsnp.gen.kyushu-u.ac.jp/ | dbTSS | 13,313STS、10,152SNP | 15977179 | http://qsnp.gen.kyushu-u.ac.jp/ | |||
| アサガオホームページ | アサガオホームページ | モデル植物であるアサガオの突然変異系統情報、突然変異遺伝子リスト、連鎖地図などの情報を収集 | 九州大学 大学院理学研究院生物科学部門 染色体機能学研究室 | 文科省 | Japan | 辞典 | 植物, アサガオ | 0 | 2007-02-14 | ||||||||||
| Polymorphism of Microsatellite Marker Loci in the Japanese Population | 遺伝学距離が明確な4868マイクロサテライトマーカーの多型度情報 | 九州大学生体防御医学研究所 | 文科省 | Japan | プロジェクト | DNA, 多型 | 0 | 2007-02-14 | |||||||||||
| D-HaploDB | Kyushu University Definitive Haplotype Database | 単一精子由来のヒト胞状奇胎DNAを用いて約28万個のSNPをタイピング、ハプロタイプ等を表示 | 九州大学生体防御医学研究所 | 文科省 | Japan | プロジェクト | DNA, 多型 | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| The Signaling PAthway Database (SPAD) | SPAD : Signaling PAthway Database | シグナル伝達のパスウェイを可視化している． | 九州大学大学院生物資源環境科学研究科 遺伝子制御学研究室 | 文科省 | Japan | 知識モデル | 相互作用 | 5 | 2007-02-14 | シグナル伝達パスウェイの知識モデル | シグナル伝達パスウェイを収集し可視化したデータベース。 パスウェイは細胞外シグナル分子に応じて、成長因子、サイトカイン、ホルモン、ストレスに分類されている。 | http://www.grt.kyushu-u.ac.jp/spad/ | 16パスウェイ | http://www.grt.kyushu-u.ac.jp/spad/menu.html | |||||
| Cancer Gene Expression Database (CGED) | アダプター付加競合PCR法で測定したヒト癌組織の遺伝子発現プロファイルデータベース。 | 奈良先端科学技術大学院大学 | 文科省 | Japan | アクセス不可 | 0 | 2006-09-27 | ||||||||||||
| Brain Gene Expression Database (BGED) | BGED Search System | アダプター付加競合PCR法で測定したマウス脳の遺伝子発現プロファイルデータベース。 | 奈良先端科学技術大学院大学 | 文科省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 脊椎動物, 哺乳類, マウス | 3 | 2007-02-14 | マウス脳遺伝子発現 | マウス脳における遺伝子発現を様々な生理的過程、病理学的過程において測定し、結果をデータベース化した。 遺伝子発現の測定にはATAC-PCRが使用された。 | http://genome.mc.pref.osaka.jp/BGED/index.html | ||||||
| BED (Brain EST Database) | BED Tools | 小規模のマウス脳３’末端ESTのデータベース。BLAST、FASTAなど簡単な検索機能がある。 | 奈良先端科学技術大学院大学 | 文科省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 脊椎動物, 哺乳類, マウス | 1 | 2007-02-14 | マウス脳由来EST | マウス脳における遺伝子発現をEST解析により計測したデータベース。 | http://genome.mc.pref.osaka.jp/BED/index.html | 50,419クローン | http://genome.mc.pref.osaka.jp/cgi-bin/BED/PUT_SUMMARY.pl | ||||
| The NAISTrap database or NAISTrap データベース | The NAISTrap project | マウスES細胞中の遺伝子をレトロウイルス型ベクターによってランダムに トラップして得たES細胞 | 奈良先端科学技術大学院大学バイオサイエンス研究科動物遺伝子機能学講座 | 文科省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 脊椎動物, 哺乳類, マウス | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| GenoBase | Functional Genomic Analysis of E.coli in Japan | E. coli genome database at Nara Institute | 奈良先端大 | 文科省 | Japan | プロジェクト | 微生物, 大腸菌 | 3 | 2007-02-14 | 大腸菌ゲノム／アノテーション | 奈良先端大で構築されている、大腸菌に関連する様々な情報を収集したデータベース。 ゲノム配列、ORF、そのアミノ酸配列、2D-PAGEによるプロテオームデータ、マイクロアレイによる遺伝子発現データ、文献情報、バイオインフォマティクス解析結果（ORFのクラスタリング、コドン使用頻度の偏り、遺伝子発現プロファイルのクラスタリング）が含まれる。 | http://ecoli.naist.jp/gb6/WGB/intro.html | |||||||
| TATA-less Promoters in Plants | 植物核遺伝子のTATAボックスの有無を解析． | 名古屋大学遺伝子実験施設 | 文科省 | Japan | アクセス不可 | 0 | 2006-12-16 | ||||||||||||
| Transcriptome analysis of 2 component system in Eschericia coli | Transcriptome analysis on 2-compnents system | 大腸菌２成分制御系の欠失変異株における遺伝子発現プロファイルのマイクロアレイ解析データ。 | 名古屋大学大学院生命農学研究科分子細胞機構学講座 | 文科省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 微生物, 大腸菌 | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| RPG | Ribosomal Protein Gene Database (RPG) | Ribosomal protein gene database | 宮崎大学 | 文科省 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 14681386 | 2 | 2007-02-14 | リボソームタンパク質遺伝子 | リボソームタンパク質遺伝子を収集したデータベース。 各遺伝子の核酸配列、アミノ酸配列、遺伝子構造、オルソログ、および、オルソロググループごとのマルチプルアラインメントが掲載されている。 ヒトデータはプロジェクトで取得。 その他の種のデータは公開DBより取得。 | http://ribosome.miyazaki-med.ac.jp/ | DDBJ, FlyBase, WormBase, SGD | 34生物種、3,244遺伝子 | http://ribosome.miyazaki-med.ac.jp/about.html | |||
| snoOPY | snoOPY:snoRNA Orthological database | 核小体に存在する低分子 non-coding RNA (snoRNA) のデータベース | 宮崎大学 フロンティア科学実験総合センター | 文科省 | Japan | プログラム | RNA | 0 | 2007-02-14 | ||||||||||
| HarvEST | HarvEST Home Page | 本領域で作成した約93,000のデータをquality fileに基づいて整理し直して登録した． | 岡山大学資源生物科学研究所 | 文科省 | プロジェクト | 遺伝子発現 | 植物, オオムギ、コムギ,植物, イネ,植物, マメ科 | 0 | 2007-02-14 | ||||||||||
| barley EST database | Barley DB | 当研究で開発された約９万３千のEST配列について配列情報およびblast検索が可能なデータベース | 岡山大学資源生物科学研究所 | 文科省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 植物, オオムギ、コムギ | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| EGTC | EGTC - top | 登録しているほとんどすべてのES細胞からキメラマウスを作製し、マウスラインを樹立しています。 | 熊本大学 | 文科省 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 脊椎動物, 哺乳類, マウス | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| Cytokine Signaling Pathway Database（サイトカインシグナル伝達経路データベース） | Cytokine Signaling Pathway Database | サイトカインシグナル経路に関するデータベース． | 熊本大学大学院医学薬学研究部 | 文科省 | Japan | プログラム | 相互作用 | 0 | 2007-02-14 | サイトカインのシグナルパスウェイ | サイトカインのシグナルパスウェイに関連する情報が収集されている。 ケモカインのリガンドと受容体の対応関係、受容体の立体構造およびドメイン構造、受容体の生物種間の系統関係、キナーゼの一覧と外部データベースへのリンクが掲載されている。 | http://csp.medic.kumamoto-u.ac.jp/ | |||||||
| Cytokine Family cDNA Database (dbCFC) | Cytokine Family Database | サイトカインのESTを含むcDNA及び遺伝子、タンパク質に関するレコードの収集 | 熊本大学大学院医学薬学研究部 | 文科省 | Japan | プログラム | DNA, 配列,タンパク質, 配列 | 3 | 2007-02-14 | サイトカイン遺伝子／タンパク質 | サイトカイン遺伝子、cDNA、タンパク質に関する情報を公開データベースより収集し、ファミリーごと、遺伝子ごとに整理したデータベース。 詳細情報は全てオリジナルDBへのリンクで記載されている。（ポータルとして機能） | http://cytokine.medic.kumamoto-u.ac.jp/ | GenBank, Swiss-Prot, UniGene, TIGR-GI, Ensembl, Entrez Gene, MGI, RGD | ||||||
| CARD R-BASE | マウスの系統、遺伝子、疾患などのデータが記載． | 熊本大学動物資源開発研究センター | 文科省 | Japan | リソース | 1 | 2007-02-14 | ||||||||||||
| DeinoBase | ＤＮＡ修復関連タンパク質研究の基礎としてDeinococcus radioduransゲノムのコンピュータ解析結果 | 日本原子力研究所計算科学技術推進センター 量子生命情報解析グループ | 文科省 | Japan | アクセス不可 | 0 | x | ||||||||||||
| ﾀﾝﾊﾟｸ質水素･水和水ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽ | Hydrogen and Hydration DataBase for Bio-macromolecules - Top Page | ﾀﾝﾊﾟｸ質水素･水和水ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽ | 日本原子力研究所 | 文科省 | Japan | プロジェクト | タンパク質, 立体構造 | 0 | 2007-02-14 | ||||||||||
| カタユウレイボヤ EST プロジェクトホームページ | Ciona intestinalis cDNA project | カタユウレイボヤゲノムプロジェクトコンソーシアムが行った EST 解析と網羅的 in situ 解析の結果 | 高知大学 理学部 | 文科省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 無脊椎動物, ホヤ | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| Microarray analysis of embryonic retinoic acid target genes in the ascidian Ciona intestinalis | RA target genes in the Ciona embryo | カタユウレイボヤ EST 解析に用いた 9287 クローンの cDNA を載せたマイクロアレイを用いた発現解析結果 | 高知大学 理学部物質科学科 | 文科省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 無脊椎動物, ホヤ | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| SayaMatcher | 転写因子予測結合領域解析パイプライン | 埼玉医科大学ゲノム医学研究センター | 文科省 | Japan | 解析サービス | 0 | 2007-02-14 | ||||||||||||
| READ | Riken Expression Array Database | 埼玉医科大学ゲノム医学研究センターゲノム科学部門 | 文科省 | Japan | アクセス不可 | 1 | 2007-02-14 | ||||||||||||
| XDB | NIBB XDB | ツメガエルのEST解析データベース。神経胚、尾芽胚より約7万ESTを収集。 | 基生研 | 文科省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 脊椎動物, カエル | 0 | 2007-02-14 | アフリカツメガエル遺伝子発現 | アフリカツメガエル(Xenopus laevis)のEST、そのアセンブリ、WISH画像が登録されている。 アセンブリは、NCBI-NR, UniGene(X.laevis), TIGR-XGI, Xenopus protein databse (NIH) を対象にしたBLAST検索、およびInterProScanによってアノテーションされている。 WISH画像は、発生ステージごとに各向きから撮影されている。 | http://xenopus.nibb.ac.jp/ | 383,074 EST、2,713全長cDNA | http://xenopus.nibb.ac.jp/dataset.html | ||||
| PHYSCObase | PHYSCObase | モデル植物ヒメツリガネゴケについてのプロトコール集、完全長cDNAおよびESTクローンの塩基配列解析結果 | 基生研 | 文科省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 植物, ヒメツリガネゴケ | 0 | 2007-02-14 | ヒメツリガネゴケEST配列 | ヒメツリガネゴケmRNA、EST、コンティグ（ESTのアセンブル結果）、実験プロトコルを収集したデータベース。 配列の一括ダウンロードも可能。 | http://moss.nibb.ac.jp/dnadb.html | ||||||
| FAMSBASE | 立体構造データベース。99生物種のゲノム情報から得られる全ORFからホモロジーモデリングで構築 | 長浜バイオ大学バイオサイエンス学部 | 文科省 | Japan | 1 | x | |||||||||||||
| Het-PDB Navi | Het-PDB Navi. V1.0.0 | Hetero-atoms in protein structures | 長浜バイオ大学（郷先生) | 文科省 | Japan | プログラム | タンパク質, 立体構造 | 0 | 2007-02-14 | ||||||||||
| Cricket EST DB and Expression DB | User registration and and Data Submission and Analyses (Tokushima) | コオロギの胚発生、器官形成・再生に関するESTおよび時空間発現データベース | 徳島大学 | 文科省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 無脊椎動物, 昆虫 | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| Chick Eye EST DB and Expression DB | User registration and and Data Submission and Analyses (Tokushima) | ニワトリの眼の発生に着目したESTおよび発現データベース | 徳島大学 | 文科省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 脊椎動物, ニワトリ | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| Streptomyces avermitilisゲノムデータベース | Genome Project of Streptomyces avermitilis_AverGenome | 駆虫薬エバーメクチンを生産する工業微生物Streptomyces avermitilisのゲノム配列データベース | 北里大学北里生命科学研究所 | 文科省 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 微生物, 細菌 | 1 | 2007-02-14 | Streptomyces avermitilisゲノム／アノテーション | Streptomyces avermitilis（駆虫薬エバーメクチンを産生する微生物）のゲノム配列およびアノテーションが掲載されている。 物理地図、KEGGパスウェイ解析結果、タンパク質ファミリー、２次代謝産物、保存遺伝子、16S rRNAによる系統樹、コスミドクローンのリクエスト方法が記述されている。 | |||||||
| Hepatitis Virus Database（肝炎ウイルスデータベース） | Hepatitis Virus Database | 肝炎ウイルスの遺伝子配列等が掲載されている． | 名古屋市立大学 | 文科省 | Japan | プログラム | DNA, 配列,タンパク質, 配列 | ウィルス | 1 | 2007-02-14 | 肝炎ウィルス遺伝子系統解析結果 | 肝炎ウィルス(B型、C型、E型）の各遺伝子の進化系統解析結果が掲載されている。 | http://s2as02.genes.nig.ac.jp/ | DDBJ | 58,215エントリ | http://s2as02.genes.nig.ac.jp/etc/statistics.php | |||
| GALAXY | GALAXY | GALAXY はN型糖鎖の構造解析を支援するWEBアプリケーションである。 | 名古屋市立大学大学院薬学研究科 | 文科省 | Japan | プロジェクト | 糖 | 0 | 2007-02-14 | ||||||||||
| TMPDB | TMPDB | Experimentally-characterized transmembrane topologies | 弘前大 | 文科省 | Japan | 知識モデル | タンパク質, 立体構造 | 1 | 2007-02-14 | 膜貫通タンパク質知識モデル | 実験的に検証されている膜貫通タンパク質が文献を通じて収集され、トポロジーに応じて分類されている。 | 12520035 | PubMed, SWISS-PROT, trEMBL | 302タンパク質 | 12520035 | http://bioinfo.si.hirosaki-u.ac.jp/~TMPDB/ | |||
| 日本ショウジョウバエデータベース（JDD：Japan Drosophila Database) | JDD - Japan Drosophila Database | ショウジョウバエ系統とその特性などを掲載． | 京都工繊大・ショウジョウバエ遺伝資源センター | 文科省 | Japan | 辞典 | 無脊椎動物, ショウジョウバエ | 0 | 2007-02-14 | ||||||||||
| Genomic Object Net Pathway Database | Genomic Object Net Pathway Database | ハイブリッド関数ペトリネットを用いてこれまでに作成した生命パスウエイを掲載している． | 山口大学理学部 | 文科省 | Japan | 知識モデル | 相互作用 | 0 | 2007-02-14 | ||||||||||
| 統合失調症の脳内遺伝子発現プロファイル | 放射活性を利用したＤＮＡアレイを利用して、統合失調症の脳３領域における病態遺伝子プロファイルを取得 | 新潟大学脳研究所 | 文科省 | Japan | アクセス不可 | 0 | x | ||||||||||||
| ProMode | ProMode | タンパク質立体構造の基準振動解析データベース | 早稲田大学社会科学部 | 文科省 | Japan | プログラム | タンパク質, 立体構造 | 0 | 2007-02-14 | ||||||||||
| LeESTデータベース | LeEST | シイタケのESTデータベース． | 島根大学生物資源科学部生命工学科 | 文科省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 植物, 菌類 | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| CGHデータベース | CGH Database | 各種癌αゲノム異常の網羅的解析DB | 東京医科歯科大学難治疾患研究所 | 文科省 | Japan | プロジェクト | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト | 0 | 2007-02-14 | ||||||||||
| dbProP（タンパク質多型データベース：a Protein Polymorphism database） | コード領域のアミノ酸変化多型などの情報を提供． | 独立行政法人 放射線医学総合研究所 | 文科省 | Japan | プログラム | DNA, 多型 | 0 | 2007-02-14 | タンパク質多型を導く遺伝子変化 | タンパク質アミノ酸配列に変化を及ぼす遺伝子配列変化、すなわち、コード領域のSNP、alternative splicingを収集したデータベース。 対象はヒト。 | http://dbprop.nirs.go.jp/Prop/index.html | UniGene, GenBank, NCBI genome, dbSNP, AssEST, Blocks | |||||||
| 極限環境微生物DB（Extremo Base) | DEEPSTAR | 極限環境微生物の遺伝子情報のDB；全ゲノム配列2 | 海洋開発研究機構極限環境生物圏研究センター | 文科省 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 微生物, 細菌 | 1 | 2007-02-14 | 極限環境微生物ゲノム／アノテーション | 海洋開発研究機構で決定された極限環境微生物のゲノム配列とアノテーションが掲載されている。 他の研究機関で解析された極限環境微生物のゲノム情報に対するリンクの一覧あり。 | http://www.jamstec.go.jp/jamstec-j/XBR/db/exbase/exbase.html | 3種、13外部リンク | http://www.jamstec.go.jp/jamstec-j/XBR/db/exbase/exbase.html | ||||
| 老人病SNPデータベース | JG-SNP - 老年病SNPデータベース | 老年病に関する臨床および病理所見データと遺伝子多型情報 | 東京都老人医療センター（JST) | 文科省 | Japan | プロジェクト | DNA, 多型 | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| ﾋﾄ唾液腺腺癌細胞ﾀﾝﾊﾟｸ質の 2 次元電気泳動ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽ | Welcome to HSG database | ﾋﾄ唾液腺腺癌細胞ﾀﾝﾊﾟｸ質の 2 次元電気泳動ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽ | 岩手医科大学 歯学部 | 文科省 | Japan | プロジェクト | タンパク質, プロテオーム | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| 老化促進ﾓﾃﾞﾙﾏｳｽ(SAM)ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽ | SAM研-データベース | 老化促進ﾓﾃﾞﾙﾏｳｽ(SAM)研究協議会作成の老化促進ﾓﾃﾞﾙﾏｳｽ(SAM)ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽ | 信州大学 大学院医学研究科加齢適応医科学系加齢生物学分野 | 文科省 | Japan | 辞典 | 文献 | 脊椎動物, 哺乳類, マウス | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| ヒト疾患関連遺伝子・多型総合データベース | INDEX | ヒトの疾患と関連する遺伝子変異・遺伝子多型に関する統合データベース | 慶応義塾大学/ヒト遺伝子疾患変異研究会 | 文科省 | Japan | プログラム | DNA, 多型 | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| メタボロームと生理活性脂質データベース | LIPID BANK for Web | 脂質の物理化学的性質、生理活性、メタボリズム、遺伝情報を構造式、スペクトルデータなども含めて表示 | 日本脂質生化学会 | 文科省 | Japan | 辞典 | 脂質 | 0 | 2007-02-14 | 天然脂質の辞書 | 天然脂質について、その構造、物理的・化学的特性、スペクトルデータ、代謝系、脂肪酸組成、参考文献を収集したデータベース。 構造はChemDraw形式で提供される。 | http://lipidbank.jp/ | 7,009種 | 12058481 | http://lipidbank.jp/ | ||||
| 免疫組織化学総合データベース | HokkaidoUnivImmunoDatabase | 免疫組織化学に関わる総合データベースで、ここの抗体に関わる記述とコラムから構成。 | 北海道大学病院病理部/ワーキンググループ | 文科省 | Japan | 辞典 | 0 | 2007-02-14 | |||||||||||
| 糖鎖抗原データベース (GlycoEpitope) | GlycoEpitope | 糖鎖抗原とそれを認識する抗体の総合的なデータベースであり、糖鎖の化学的データに加えて、その機能研究に関与する情報を提示 | 立命館大学/ＧｌｙｃｏＥｐｉｔｏｐｅＤａｔａｂａｓｅ作成委員会 | 文科省 | Japan | 知識モデル | タンパク質, 抗体,糖 | 0 | 2007-02-14 | 糖鎖抗原と抗体の辞書 | 糖鎖抗原とそれを認識する抗体を収集した辞書。 抗原側情報としては、糖鎖、それを認識する抗体、それを持つ糖タンパク質、それを部分構造とする糖脂質、その生合成および分解に関する酵素が収集されている。 抗体側情報としては、抗体、それが認識する糖鎖の配列、それを用いたimmunoprecipitation, immunobloting, histochemistry実験例、入手先が収集されている。 | http://www.glyco.is.ritsumei.ac.jp/epitope/ | |||||||
| J*FLY | Jflyホームページ | ショウジョウバエの既知遺伝子のリスト、会報、画像、実験に関するムービー等が掲載されている． | 東大分子細胞生物学研究所 | 文科省 | Japan | 辞典 | 無脊椎動物, ショウジョウバエ | 1 | 2007-02-14 | ショウジョウバエの辞書 | 既知のショウジョウバエ遺伝子の一覧、実験プロトコル集（ムービーあり）、形態の画像、ストックセンター、国内外の研究室・研究者が掲載されている。 | http://jfly.iam.u-tokyo.ac.jp/index_j.html | 5,038遺伝子、51文書、12ムービー、9画像 | http://jfly.iam.u-tokyo.ac.jp/index_j.html | |||||
| ヒト新規遺伝子候補データベース | DIGITized Genes | ヒト遺伝子発見プログラムDIGITを使用して発見したヒト新規遺伝子候補のデータベース | 理研GSC ゲノム構造情報研究グループ | 文科省 | Japan | プログラム | DNA, 配列 | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| シロイヌナズナアクチベーションタギングラインデータベース | Riken Activation Tagging Line Database | ｼﾛｲﾇﾅｽﾞﾅｱｸﾁﾍﾞｰｼｮﾝﾀｷﾞﾝｷﾞﾗｲﾝで、T1世代で表現形のでたラインからタグ挿入近傍の遺伝子を予測 | 理研GSC 植物ゲノム機能情報研究グループ | 文科省 | Japan | プロジェクト | 植物, シロイヌナズナ | 0 | 2007-02-14 | ||||||||||
| 脳形成遺伝子発現DB | GeneChip: Mouse Cerebellar Development | 小脳形成における遺伝子発現の時空間的情報のDB | 理研 脳科学総合研究センター | 文科省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 脊椎動物, 哺乳類, マウス | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| Transcription Analysis of BY-2 | TAB, an official homepage of BY-2 transcriptome. | タバコ培養細胞BY-2株由来cDNA断片の配列情報とそれのホモロジー検索結果 | 理研 植物科学研究センター | 文科省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 植物, タバコ | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| Escherichia coli O157:H7 Sakai | E.coli O157:H7 Sakai genome project | 腸管出血性大腸菌 O157 のゲノム統合データベース． | 大阪大学遺伝情報実験センター | 文科省 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 微生物, 大腸菌 | 0 | 2007-02-14 | 大腸菌O157:H7 Sakai株の全ゲノム配列 | 大腸菌O157:H7 Sakai株の全ゲノム配列、pO157プラスミド配列、pOSAK1プラスミド配列、およびそれらのアノテーションを掲載したデータベース。 データ全体の一括ダウンロードも可能。 | http://genome.naist.jp/bacteria/o157/index.html | 11258796 | |||||
| 腸炎ビブリオゲノム配列データベース | V. parahaemolyticus genome project | 腸炎ビブリオの全ゲノム配列情報のデータベース | 大阪大学微生物病研究所 細菌感染分野 | 文科省 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 微生物, 細菌 | 0 | 2007-02-14 | 腸炎ビブリオ菌の全ゲノム配列 | 腸炎ビブリオ菌の全ゲノム配列およびアノテーションを掲載したデータベース。 データ全体の一括ダウンロードも可能。 | http://genome.naist.jp/bacteria/vpara/index.html | 12620739 | |||||
| 病原性大腸菌 O157ゲノムデータベース | 病原性大腸菌 O157のゲノム情報データベースであり、種々の情報検索や、関連論文の検索が可能 | 宮崎大学 | 文科省 | Japan | アクセス不可 | 0 | x | ||||||||||||
| 腸炎ビブリオゲノムデータベース | V. parahaemolyticus genome project | 腸炎ビブリオのゲノム情報データベースであり、種々の検索が可能である。 | 宮崎大学 | 文科省 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 微生物, 細菌 | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| Atlas (ISH Data Base) | Atlas top page | Dictyostelium discoideum cDNAクローンのWhole-mount in situ hybridization での空間的遺伝子発現情報 | 筑波大学生物科学系 | 文科省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 植物, 粘菌 | 0 | 2007-02-14 | 細胞性粘菌の遺伝子発現 | 細胞性粘菌Dictyostelium discoideumの遺伝子発現情報が掲載されている。 収録データは、ステージごとのcDNAクローン一覧、EST、そのアセンブル結果、in-situ hybridizationによる発現パターン画像である。 | http://dictycdb.biol.tsukuba.ac.jp/ | ||||||
| Dictyostelium cDNA Database (略称Dicty_cDB) | Dictyostelium discoideum cDNAクローンの塩基配列・相同性・モチーフ検索・局在性予測等の情報 | 筑波大学生物科学系 | 文科省 | Japan | アクセス不可 | 2 | x | ||||||||||||
| 日本人遺伝性疾患家系データベース | 国内の医学会抄録集から、家系・家族・遺伝をキーワードに収集したデータベース。 | 琉球大学大学院医学研究科医学部 医科遺伝学分野 | 文科省 | Japan | アクセス不可 | 0 | x | ||||||||||||
| 琉球大学遺伝性疾患データベース第9版 | 遺伝子が関与する疾患を奇形症候群を中心にまとめたデータベース。 | 琉球大学大学院医学研究科医学部 医科遺伝学分野 | 文科省 | Japan | アクセス不可 | 0 | x | ||||||||||||
| Nocardia farcinicaゲノムデータベース | Nocardia farcinica Genome Project Page | 病原性放線菌Nocardia farcinica IFM 10152株のゲノム配列データベース | 国立感染症研究所 | 文科省 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 微生物, 細菌 | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| H-Invitational Database | H-InvDB. | H-InvDBはヒトの遺伝子と転写産物を対象とした統合データベース、,ヒトのすべての転写産物の配列をあらゆる手法で解析 | 産業技術総合研究所 JBIRC | 経産省 | Japan | 注釈 | アノテーション | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| 7回膜貫通タンパク質データベース(SEVENS) | SEVENS database | 創薬のターゲットとして最も重要なGタンパク質共役型受容体データベース | 産業技術総合研究所 CBRC | 経産省 | Japan | プログラム | タンパク質, 立体構造 | 2 | 2007-02-14 | Gタンパク共役型受容体遺伝子の予測結果 | Gタンパク共役型受容体（7回膜貫通タンパク質）遺伝子を既知のゲノム配列より予測した結果を収集した。 | http://sevens.cbrc.jp/what.php | NCBI, UCSC, IRGSP, silkDB, dicyBase | 28生物種、28199エントリ(best sensitivity) | http://sevens.cbrc.jp/statistics.php | ||||
| Alternative Splicing and Transcription Archives (ASTRA) | ASTRA | 選択的プライシングと転写の基本パターンに関するデータベース | 産業技術総合研究所 CBRC | 経産省 | Japan | プログラム | DNA, 配列 | 0 | 2007-02-14 | ||||||||||
| タンパク質立体構造データベース(GENIUS Ⅱ) | GENIUS II Home Page | 多重媒介配列検索法（MISS法）を用いて各生物種ゲノムの全ORFを構造既知のタンパク質の立体構造に帰属したデータベースシステム | 産業技術総合研究所 CBRC | 経産省 | Japan | プログラム | タンパク質, 立体構造 | 0 | 2007-02-14 | ||||||||||
| 代表的タンパク質チェイン決定システム(PDB-REPRDB) | PDB-REPRDB Representative protein chains from PDB | タンパク質立体構造を配列および構造類似性を考慮して分類し代表タンパク質チェインを決定するシステム | 産業技術総合研究所 CBRC | 経産省 | Japan | プログラム | タンパク質, 立体構造 | 12520060 | 2 | 2007-02-14 | タンパク質代表チェイン | PDBに登録されているタンパク質を配列と構造の類似性からグループ化したデータベース。 各グループの代表タンパク質を指定のルールに従って選択するインターフェースがある。 | http://mbs.cbrc.jp/pdbreprdb-cgi/reprdb_menuJ.pl | PDB | |||||
| A Database of Enzyme Catalytic Mechanisms (EzCatDB) | EzCatDB: A Database of Enzyme Catalytic Mechanisms | 酵素立体構造情報、文献情報などに基いて、酵素触媒機構を階層的に分類 | 産業技術総合研究所 CBRC | 経産省 | Japan | 知識モデル | タンパク質, 機能 | 2 | 2007-02-14 | 酵素触媒機構の知識モデル | PDBおよびSWISS-PROTに登録されている酵素を、ドメイン構成、EC番号、触媒機構、リガンド構造から分類されている。 情報源は文献とPDBエントリ中の記述である。 | 15608227 | PDB, Swiss-Prot | 667エントリ | 15608227 | http://mbs.cbrc.jp/EzCatDB/ | |||
| Database for Genetic Engineering of Microalgae | Your Page | 微細藻類の遺伝子組み換えに役に立つ情報をデータベース化。ホストーベクター系、遺伝子導入法、有用物質の生産、インヒビター耐性変異株、合成トランスポゾン系 、選択マーカー | 産業技術総合研究所 | 経産省 | Japan | 辞典 | 植物, 藻類 | 0 | 2007-02-14 | ||||||||||
| Brain Atlas Database of Japanese Monkey for WWW | Brain Explorer | 脳画像データベース。ニホンザルの脳の画像をデジタル化して公開。高次機能を調べるうえで重要な脳皮質全体を含む組織標本の連続切片データベース。マウス操作のみで簡便に参照可能。 | 産業技術総合研究所 脳神経情報研究部門 | 経産省 | Japan | プロジェクト | 形態 | 脊椎動物, 哺乳類, 霊長類 | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| Transcription Product Database (TraP) | TraP | 古細菌の生合成・代謝経路に関わる遺伝子産物データベース | 産業技術総合研究所 脳神経情報研究部門 DNA情報科学研究グループ | 経産省 | Japan | 知識モデル | 相互作用 | 微生物, 古細菌 | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| ARCHAebacterial Information Collection (ARCHAIC) | ARCHAIC (ARCHAebacterial Information Collection) | ARCHAIC（古細菌情報コレクション）、古細菌ゲノムDNA配列 | 産業技術総合研究所 脳神経情報研究部門 DNA情報科学研究グループ | 経産省 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 微生物, 古細菌 | 3 | 2007-02-14 | 古細菌ゲノム／アノテーション | 数種の古細菌のゲノム配列、遺伝子構造と配列（核酸、アミノ酸）、偽遺伝子、オペロン、株の情報が収集されている。 | http://www.aist.go.jp/RIODB/archaic/ | 3種 | http://www.aist.go.jp/RIODB/archaic/ | ||||
| Database of genomes and transcriptional regulations for filamentous fungi | Database of genomes and transcriptional regulations for filamentous fungi | 酒・味噌・醤油など 発酵・醸造工業に広く用いられている麹菌Aspergillus oryzae塩基配列および発現制御などの情報をデータベース化。 | 産業技術総合研究所、酒類総合研究所、食品総合研究所、名古屋大学農学部、愛知県食品工業技術センター、東京大学農学部、東京農工大学農学部、東北大学農学部 | 経産省 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列,相互作用 | 植物, 菌類 | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| Rat Brain Sections: Super-fine images | Rat Brain Sections | ラットの脳断面画像。現バージョンでは7枚の脳断面画像を公開。 | 産業技術総合研究所、(株)映像美術院、(株)PFU | 経産省 | Japan | プロジェクト | 形態 | 脊椎動物, 哺乳類, ラット | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| Archaeal Gene Network (Arch GeNet) | Archaeal Gene Network | 古細菌Thermoplasma volcanium GSS1の遺伝子発現プロファイル | 産業技術総合研究所 脳神経情報研究部門 DNA情報科学研究グループ | 経産省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 微生物, 古細菌 | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| 微生物データベースシステム (MRCD) | 微生物データベース。微生物のキーワード検索が可能。 | 産業技術総合研究所 生物遺伝子資源研究部門 | 経産省 | Japan | 辞典 | 微生物, 細菌 | 0 | 2007-02-14 | |||||||||||
| a genome database of microorganisms sequenced at NITE. (DOGAN) | DOGAN | NITEでゲノム解析した微生物とそのゲノムの特徴を公開している。塩基配列データや、遺伝子地図、推定遺伝子領域などの情報。 | 製品評価技術基盤機構 産業技術総合研究所 | 経産省 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 微生物, 細菌,植物, 菌類 | 1 | 2007-02-14 | 微生物ゲノム／アノテーション | NITEでゲノム解析された微生物について、そのアノテーション、プロテオーム解析結果（行われている場合）、他種とのORF比較（行われている場合）、その種の一般的説明が登録されている。 | http://www.bio.nite.go.jp/dogan/Top | 9種 | http://www.bio.nite.go.jp/dogan/Top | ||||
| NBRC Culture Catalogue | NBRC Culture Catalogue Search | NBRCで保存している生物遺伝資源のデータベース。NITEで分譲している微生物株を、学名で検索したり、微生物株の詳細な情報を得ることができる。 | 製品評価技術基盤機構 生物遺伝資源部門（NBRC） | 経産省 | Japan | リソース | 0 | 2007-02-14 | |||||||||||
| Distribution of Full-length Human cDNA Clones | 生物遺伝資源部門(NBRC) / ヒトcDNAクローンの分譲 | NITEで分譲しているヒト完全長cDNAクローンをDDBJ Accession番号や配列で検索ができる | 製品評価技術基盤機構 生物遺伝資源部門（NBRC） | 経産省 | Japan | リソース | 0 | 2007-02-13 | |||||||||||
| Gene Diversity DataBase System (GDBS) | Welcome to H-GOLD!! | モデル疾患の感受性遺伝子を同定する目的で行なったタイピング実験の結果（遺伝子多型情報）や解析情報，感受性候補領域の詳細情報についてのデータベース | バイオ産業情報化コンソーシアム(JBIC) | 経産省 | Japan | プロジェクト | DNA, 多型 | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| 標準SNPs解析事業 | ゲノム解析部門(NGAC) / 標準SNPs解析事業 | 日本人一般集団７８６人を対象に遺伝子型の決定を行い、アレル（対立遺伝子）頻度のデータベースを構築 | 東京大学医科学研究所、バイオ産業情報化コンソーシアム、製品評価技術基盤機構 | 経産省 | Japan | 0 | 2007-02-14 | ||||||||||||
| 完全長cDNAデータベース (FL-DB) | 完全長cDNA構造解析プロジェクトで解析された新規ヒト遺伝子全長配列および解析結果を統合したデータベース | バイオテクノロジー開発技術研究組合 | 経産省 | Japan | アクセス不可 | 0 | x | ||||||||||||
| CyanoBase | CyanoBase: The Genome Database of Cyanobacteria | ラン藻 Synechocystis sp. strain PCC 6803, Anabaena sp. PCC 7120, Thermosynechococcus elongatus BP-1 ならびに光合成細菌 Chlorobium tepidum TLS のゲノムデータベース | かずさDNA研究所 | 経産省 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 微生物, シアノバクテリア,植物, 藻類 | 10592184 | 5 | 2007-02-14 | シアノバクテリアゲノム／アノテーション | シアノバクテリア、光合成細菌(Chlorobium tepidum TLS)、紅色細菌(Rhodopseudomonas palustris)のゲノムを収集したデータベース。 ゲノム配列、ORF情報、遺伝子とそのカテゴリ、変異株、プロテオーム解析結果（Cyano2Dbase）が登録されている。 | http://bacteria.kazusa.or.jp/cyano/index.html | Kazusa, JGI, TIGR, Genoscope | 10ゲノム | http://bacteria.kazusa.or.jp/cyano/index.html | ||
| RhizoBase | RhizoBase | 根粒菌 Mesorhizobium loti MAFF303099, Bradyrhizobium japonicum USDA110, Sinorhizobium meliloti 1021 ならびに Rhizobium sp. NGR234 symbiotic plasmid, M. loti R7A symbiosis island のゲノムデータベース | かずさDNA研究所 | 経産省 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 微生物, 細菌 | 2 | 2007-02-14 | 根粒菌ゲノム／アノテーション | 根粒菌、光合成細菌(Rhodopseudomonas palustris)のゲノムを収集したデータベース。 ゲノム配列、ORF情報、遺伝子とそのカテゴリが登録されている。 | http://bacteria.kazusa.or.jp/rhizobase/index.html | Kazusa, JGI | 8ゲノム | http://bacteria.kazusa.or.jp/rhizobase/index.html | |||
| Lotus japonicus Genome Sequence Project | Lotus japonicus: Entrance | マメ科モデル植物ミヤコグサ Lotus japonicus のゲノム塩基配列解析情報 | かずさDNA研究所 | 経産省 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 植物, マメ科 | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| Codon Usage Database | Codon Usage Database | 遺伝暗号使用頻度データベース | かずさDNA研究所 | 経産省 | Japan | プログラム | DNA, 配列 | 10592250 | 10 | 2007-02-14 | コドン使用頻度 | GenBankのCDSをベースに、様々な生物種におけるコドンの使用頻度を算出したデータベース。 | http://www.kazusa.or.jp/codon/readme_codon.html | GenBank | 32,775生物種、2,298,913CDS | http://www.kazusa.or.jp/codon/readme_codon.html | |||
| クラミドモナスESI Index | [KDRI]Chlamydomonas reinhardtii EST index | クラミドモナス（Chlamydomonas reinhardtii）EST 解析情報データベース | かずさDNA研究所 | 経産省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 微生物, 原生動物 | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| ミヤコグサEST Index | [KDRI] Lotus japonicus EST | ミヤコグサ（Lotus japonicus）EST 解析情報データベース | かずさDNA研究所 | 経産省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 植物, マメ科 | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| シロイヌナズナEST Index | [KDRI]Arabidopsis thaliana EST index | シロイヌナズナ（Arabidopsis thaliana）EST 解析情報データベース | かずさDNA研究所 | 経産省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 植物, シロイヌナズナ | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| スサビノリEST Index | [KDRI]Porphyra yezoensis EST index | スサビノリ（Porphyra yezoensis）EST 解析情報データベース | かずさDNA研究所 | 経産省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 植物, 藻類 | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| KATANA | KATANA | シロイヌナズナ（Arabidopsis thaliana）遺伝情報統合データベース | かずさDNA研究所 | 経産省 | Japan | プログラム | アノテーション | 植物, シロイヌナズナ | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| MiBASE | Micro-Tom Database | 矮性トマト品種マイクロトムのEST、Unigene、マーカー、GOなどのデータベース | かずさDNA研究所 | 経産省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 植物, トマト | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| HUGE | Welcome to HUGE protein database | ヒト長鎖 cDNA (KIAA cDNA) 解析情報データベース | かずさDNA研究所 | 経産省 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト | 14681467 | 7 | 2007-02-14 | ヒト未同定長鎖cDNA配列／アノテーション | かずさヒトcDNAプロジェクトで得られたクローン(KIAA/FLJ)のシーケンスおよび解析結果をまとめたデータベース。 本来の目的は、巨大タンパク（50kDa以上）に対応する未同定遺伝子の解析。 cDNA配列、制限酵素マップ、シグナル配列、アミノ酸配列、Pfam, SOSUIによるモチーフ探索結果が登録されている。 | http://www.kazusa.or.jp/huge/index.html | 2,038エントリ | http://www.kazusa.or.jp/tech-cgi/tablelist.cgi | |||
| ROUGE | Welcome to ROUGE protein database | マウス長鎖 cDNA (mKIAA cDNA) 解析情報データベース | かずさDNA研究所 | 経産省 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 脊椎動物, 哺乳類, マウス | 0 | 2007-02-14 | マウス未同定長鎖cDNA配列／アノテーション | かずさマウスcDNAプロジェクトで得られたクローン(mKIAA/mFLJ)のシーケンスおよび解析結果をまとめたデータベース。 HUGEのマウス版。 | http://www.kazusa.or.jp/rouge/index.html | 2,169エントリ | http://www.kazusa.or.jp/tech-cgi/tablelist.cgi?sel=rouge | ||||
| CREAT portal | Kazusa CREATE portal | InGaP:mKIAA抗体及びmKIAA cDNAマイクロアレイ解析情報 データベース、InCeP:KIAA/mKIAA遺伝子が関連するパスウェーデータベース | かずさDNA研究所 | 経産省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現,相互作用 | 脊椎動物, 哺乳類, マウス | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| Mouse DNA Microarray | A Database of Mouse DNA Microarray | マウスDNAマイクロアレイ 解析情報データベース | かずさDNA研究所 | 経産省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 脊椎動物, 哺乳類, マウス | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| 疾患ゲノムデータベース (GeMDBJ) | Genome Medicine Database of Japan (GeMDBJ) | アルツハイマーなど5疾患とファーマコジェネティックスに関わるゲノムワイドなSNP解析とチップによる遺伝子発現データ | 国立がんセンター研究所/ミレニアムゲノムプロジェクト | 厚労省 | Japan | プロジェクト | DNA, 多型,遺伝子発現 | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| カニクイザルcDNAデータベース (Qfbase) | QFbase - Macaca fascicularis cDNA database | カニクイザルオリゴキャップクローンの5'端63,000配列、3'端22,000配列、全長4,500配列 | 医薬基盤研究所生物資源研究部遺伝子資源研究室 | 厚労省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 脊椎動物, 哺乳類, 霊長類 | 1 | 2007-02-14 | カニクイザルcDNA配列 | カニクイザル全長cDNAクローンのEST、全長cDNA配列、ヒト遺伝子との相同性が掲載されている。 | http://genebank.nibio.go.jp/qfbase/index.html | 53,992 5' EST、22,309 3' EST、9,457全長cDNA配列 | http://genebank.nibio.go.jp/qfbase/info.html | ||||
| チンパンジーcDNAデータベース (PRIGEN) | PRIGEN | チンパンジーオリゴキャップクローンの5’端cDNA15,000シーケンス | 医薬基盤研究所生物資源研究部遺伝子資源研究室 | 厚労省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 脊椎動物, 哺乳類, 霊長類 | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| HIV感染症統合データベース(HIV-DB) | HIV Database System | ＨＩＶ|ｉ関するクリニカルデータとウイルスデータを統合化 | 国立感染症研究所 | 厚労省 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列,タンパク質, 配列 | ウィルス | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| Mycoplasma penetrans genome | Mycoplasma penetrans Genome | Mycoplasma penetrans ゲノムの全塩基配列データと解析結果 | 国立感染症研究所 | 厚労省 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 微生物, 細菌 | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| Nocardia farcinica genome | Nocardia farcinica Genome Project Page | Nocardia farcinica ゲノムの全塩基配列データと解析結果 | 国立感染症研究所 | 厚労省 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 微生物, 細菌 | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| 病原真菌データベース | Pathogenic Fungi Database (PFDB) | 真菌菌種リスト（塩基配列による菌種分類など)および真菌症リストなど | 病原真菌データベース運営委員会/帝京大学真菌研究センター | 厚労省 | Japan | 辞典 | 微生物, 細菌 | 0 | 2007-02-14 | ||||||||||
| 生体内ペプチドのファクトデータベース (PEPTIDOME) | PEPTIDOME | 生体内ペプチドのファクトデータベースの構築と維持のためのシステム | 国立循環器病センター/生体内ペプチドファクトDB作成委員会 | 厚労省 | Japan | プロジェクト | タンパク質, プロテオーム | 1 | 2007-02-14 | 生体内ペプチドの特性 | 生体内のペプチドを網羅的に分離・同定し、それらの電荷、疎水性、分子量とともに整理した。 | 5サンプル | http://opdb.peptidome.org/opdb/asp/main/source.asp | ||||||
| Rice Annotation Project DataBase (RAP-DB) | RAP-DB | RAP-DBは主にイネの遺伝子と転写産物を対象とした統合データベース、イネを中心にイネ科作物等の転写産物の配列をあらゆる手法で解析 | 農業生物資源研究所 | 農水省 | Japan | 注釈 | アノテーション | 植物, イネ | 16381971 | 1 | 2007-02-14 | イネゲノム／遺伝子の注釈書 | イネゲノム上に遺伝子（予測遺伝子を含む）、転写産物（イネの他、複数種の植物ESTを含む）、BAC、マーカー、変異株情報をマップしたデータベース。 | http://rapdb.lab.nig.ac.jp/ | |||||
| Integrated Rice Genome Explorer (INE) | INE select | イネの遺伝地図、物理地図、遺伝子発現地図及び配列情報を統合したデータベース | 農業生物資源研究所 | 農水省 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列,遺伝子発現 | 植物, イネ | 10592192 | 2 | 2007-02-14 | イネゲノム／アノテーション | イネゲノム上に遺伝地図、物理地図、PCRマーカー、EST、BAC/PACコンティグをマップしたデータベース。 | ||||||
| Rice Genome Automated Annotation System (Rice GAAS) | RiceGAAS: Rice Genome Automated Annotation System | 公的データベースから収集したイネゲノム配列情報に自動で遺伝子領域を推定する解析ツールであり、かつ解析した情報を公開 | 農業生物資源研究所 | 農水省 | Japan | プログラム | アノテーション | 植物, イネ | 1 | 2007-02-14 | イネゲノム自動アノテーション | イネゲノムに対して機械的アノテーションを行い、結果を収集したデータベース。 遺伝子予測(GENSCAN, RiceHMM, FGENESH, MZEF)、スプライスサイト予測(SplicePredictor)、相同性検索(BLAST, HMMer, ProfileScan, MOTIF)、tRNA遺伝子予測(tRNAscan-SE)、リピート配列探索(RepeatMasker, Printrepeats)、シグナル配列探索(SignalScan)、タンパク局在化シグナル予測(PSORT)、膜タンパク2次構造予測(SOSUI)の結果が掲載されている。 | http://ricegaas.dna.affrc.go.jp/ | ||||||
| Rice Annotation Database (RAD) | annotation database | 解読したイネゲノム配列のアノテーションデータベース | 農業生物資源研究所 | 農水省 | Japan | 注釈 | アノテーション | 植物, イネ | 16381894 | 2 | 2007-02-14 | イネゲノム／遺伝子の注釈書 | イネPAC/PACコンティグ上に遺伝子（予測遺伝子を含む）、イネ転写産物をマップしたデータベース。 スプライスサイトパターン、アミノ酸頻度、コドン使用頻度、遺伝子長、GOアノテーション、MIPS機能分類の集計が掲載されている。 | http://golgi.gs.dna.affrc.go.jp/SY-1102/rad/ | |||||
| Rice Proteome Database | Rice Proteome Database | イネの２次元電気泳動情報を主とするプロテオームデータベース | 農業生物資源研究所 | 農水省 | Japan | プロジェクト | タンパク質, プロテオーム | 植物, イネ | 14681440 | 2 | 2007-02-14 | イネプロテオーム | イネの各種組織や細胞内小器官を対象に2次元ゲル電気泳動を行い、そのスポットを収集したデータベース。 プロテオーム解析のプロトコルが掲載されている。 | 13,129タンパク質、23ゲル | http://gene64.dna.affrc.go.jp/RPD/data_en.html | ||||
| Knowledge-Oriented Molecular Biological Encyclopedia (KOME) | KOME - Knowledge-based Oryza Molecular biological Encyclopedia | イネ完全長cDNA情報データベース | 農業生物資源研究所 | 農水省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 植物, イネ | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| Rice Tos17 Insertion Mutant Database | Mutant panel | レトロトランスポゾンによる遺伝子破壊系統のデータベース。表現型情報と挿入領域情報を公開。 | 農業生物資源研究所 | 農水省 | Japan | プロジェクト | 植物, イネ | 0 | 2007-02-14 | ||||||||||
| Rice Expression Database (RED) | RED | マイクロアレイ解析による遺伝子発現情報データベース | 農業生物資源研究所 | 農水省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 植物, イネ | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| RGP Rice cDNA Sequence Database | MAFF_Rice cDNA Clone Overview | イネESTデータベース | 農業生物資源研究所 | 農水省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 植物, イネ | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| Rice Microarray Opening Site (RMOS) | Rice Microarray Opening Site | イネマイクロアレイデータベース | 農業生物資源研究所 | 農水省 | Japan | 辞典 | 遺伝子発現 | 植物, イネ | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| Rice PIPELINE | RICE PIPELINE - KOME | イネ関連データベースの横断的検索ツール | 農業生物資源研究所 | 農水省 | Japan | 解析プログラム | 14681439 | 2 | 2007-02-14 | ||||||||||
| PLAnt Cis-acting Regulatory DNA Elements Database (PLACE) | PLACE, Plant Cis-acting Regulatory DNA Elements | 文献情報から抽出した植物の転写因子結合シス配列データベース | 農業生物資源研究所 | 農水省 | Japan | 知識モデル | DNA, 配列,相互作用 | 9847208 | 1 | 2007-02-13 | 植物シスエレメントの知識モデル | 植物のシスエレメントのモチーフを文献より収集したデータベース。 全データのダウンロード可能。 | http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/ | 469エントリ | http://ftp.dna.affrc.go.jp/pub/dna_place/relnotes.txt | ||||
| Rice Mitochondrial Genome Information (RMG) | Rice Mitochondrial Genome | イネミトコンドリアゲノム情報データベース | 農業生物資源研究所 | 農水省 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 植物, イネ | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| Rice Protein Structure Databace (RPSD) | structure.rice.dna.affrc.go.jp | イネタンパク質構造データベース | 農業生物資源研究所 | 農水省 | Japan | プログラム | タンパク質, 立体構造 | 植物, イネ | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| Pig EST Data Explorer (PEDE) | Pig Expression Data Explorer | ブタ完全長cDNAクローン由来のESTデータベース | 農業生物資源研究所 | 農水省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 脊椎動物, 哺乳類, ブタ | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| Kaiko Genome Automated Annotation System (KAIKO GAAS) | KAIKOGAAS | カイコゲノム配列情報に自動で遺伝子領域を推定する解析ツールであり、かつ解析した情報を公開 | 農業生物資源研究所 | 農水省 | Japan | プログラム | アノテーション | 無脊椎動物, 昆虫 | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| KAIKO cDNA | KAIKOcDNA System | カイコESTデータベース | 農業生物資源研究所 | 農水省 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 無脊椎動物, 昆虫 | 0 | 2007-02-14 | |||||||||
| Rice Research | 稲(イネ)品種 データベース 検索システム ? 稲と米 データ ? | 日本のイネを中心に品種、系譜図、特性情報（出穂期、草丈、種子形態等）を網羅的に公開しているデータベース | 農業・食品産業技術総合研究機構 | 農水省 | Japan | 辞典 | 植物, イネ | 0 | 2007-02-14 | ||||||||||
| GenBank. | GenBank Overview | NCBI | カタログ | USA | データバンク | DNA, 配列 | 16381837 | 12 | 2007-02-14 | 米国核酸配列データバンク | 各国研究者より核酸配列データを受け付けているデータバンクで、欧州EBI (EMBL)、日本DDBJと定期的にデータを交換している。 | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/index.html | EMBL, DDBJ | 64,893,747エントリ、69,019,290,705塩基 | ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genbank/gbrel.txt | 核酸配列 | |||
| The Mouse Genome Database (MGD): updates and enhancements. | MGI_3.51 - Mouse Genome Informatics | The Jackson Laboratory | カタログ | USA | プロジェクト,データバンク | アノテーション | 脊椎動物, 哺乳類, マウス | 16381933 | 11 | 2007-02-14 | マウスゲノム／アノテーション | Jackson Lab. におけるマウスゲノム研究成果の統合的データベース。 MGD（配列、遺伝子の定義、マッピング、表現型、mutant、strain、他の哺乳類との比較）、GXD（遺伝子発現 : 文献から収集もしくは研究者のsubmission）、MTB（腫瘍を生じるモデルマウスの情報）をまとめたデータベース。 | http://www.informatics.jax.org/mgihome/projects/overview.shtml | 遺伝地図，多型、変異体の表現型、遺伝子発現など、MGI中の全データ種類 | |||||
| The RCSB PDB information portal for structural genomics. | RCSB PDB Structural Genomics Information Portal | Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB) | カタログ | USA | データバンク | タンパク質, 立体構造 | 16381872 | 8 | 2007-02-14 | タンパク質立体構造データバンク | 主としてX線結晶構造解析もしくはNMRで決定されたタンパク質立体構造を収集するデータバンク。 | http://sg.pdb.org/ | 40,933タンパク質 | http://www.wwpdb.org/ | タンパク質立体構造 | ||||
| FlyBase: anatomical data, images and queries. | FlyBase Homepage | Indiana Univ. | カタログ | USA | プロジェクト | アノテーション | 無脊椎動物, ショウジョウバエ | 16381917 | 8 | 2007-02-14 | ショウジョウバエゲノム／アノテーション | ショウジョウバエのゲノムおよび遺伝子に関する様々な情報を収集したデータベース。 遺伝子（マップ、配列、産物、機能、発現パターン、相互作用）、変異株と表現型、注釈付けされたゲノム、文献情報が登録されている。 | 16381917 | ||||||
| The Arabidopsis Information Resource (TAIR) | TAIR - Home Page | Carnegie Institution of Washington Department of Plant Biology, Stanford, California, and the National Center for Genome Resources (NCGR) | カタログ | USA | プロジェクト,データバンク | アノテーション | 植物, シロイヌナズナ | 8 | 2007-02-14 | シロイヌナズナゲノム／アノテーション | シロイヌナズナのゲノム、遺伝子、分子生物学的データを収集したデータベース。 注釈付けされたゲノム、遺伝子産物、代謝、遺伝子発現、マーカー、株リソース情報、文献情報を含む。 | http://www.arabidopsis.org/ | リソース（種、クローンなど）の所在、遺伝子アノテーション、多型、退社パスウェイ、実験プロトコル | ||||||
| REBASE | Hae REBASE Homepage | New England Biolabs, Inc., | カタログ | USA | 知識モデル | タンパク質, 機能 | 8 | 2006-06-15 00:00:00 | 制限酵素辞書 | 制限酵素、DNAメチルトランスフェラーゼ、および制限サイト修飾関連タンパク質のデータベース。 酵素の配列、立体構造、ソース、認識／切断配列、類似の酵素、メチレーション感受性、商業的な入手先の記述がある。 WWWの他、一括ダウンロードも可能。 | 17202163 | 12,607エントリ | 17202163 | http://rebase.neb.com/cgi-bin/statlist | |||||
| EMBL Nucleotide Sequence Database: developments in 2005. | The EMBL Nucleotide Sequence Database | EBI | カタログ | UK | データバンク | DNA, 配列 | 16381823 | 7 | 2007-02-14 | 欧州核酸配列データバンク | 欧州各国研究者より核酸配列データを受け付けているデータバンクで、米国NCBI (GenBank)、日本DDBJと定期的にデータを交換している。 | http://www.ebi.ac.uk/embl/ | GenBank, DDBJ | 18,535,353エントリ、150,163,403,742塩基 | http://www.ebi.ac.uk/embl/Documentation/Release_notes/current/relnotes.html | 核酸配列 | |||
| Ensembl 2006. | Ensembl Genome Browser | EBI, Sanger Institute | カタログ | UK | プログラム | アノテーション | 16381931 | 7 | 2007-02-14 | ゲノム自動アノテーション | ゲノム配列の公開された真核生物（特に脊椎動物）に対して機械的アノテーションを行ったデータベース。 アノテーションプラットフォーム自体も提供されており、別グループが独自のゲノムDB構築に利用している例も多い。 | http://www.ensembl.org/info/about/project.html | EMBL | ||||||
| Pfam | Pfam: Pfam Home Page | Sanger Institute | カタログ | UK | 注釈 | タンパク質, モチーフ | 7 | 2007-02-14 | タンパク質モチーフの注釈書 | タンパク質の共通ドメインやファミリーより構成したマルチプルアラインメント、およびそれをHMMで表現したモデルを収集したデータベース。 Curation済みのPfam-Aと、PRODOMに登録されたファミリーから自動的に構築されたPfam-Bに分けられる。 | http://www.sanger.ac.uk/Software/Pfam/ | PRODOM | 8,957ファミリー | http://www.sanger.ac.uk/Software/Pfam/ | |||||
| GEO - Gene Expression Omnibus | Gene Expression Omnibus (GEO) Main page | NCBI | カタログ | USA | データバンク | 遺伝子発現 | 7 | 2007-02-14 | 米国遺伝子発現データバンク | NCBIにおいて運営されている、遺伝子発現データを受け付け、公開するデータベース。 マイクロアレイ(DNAチップ）、SAGEに対応している。 | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/geo/info/depguide.html | 3,035プラットフォーム、116,646サンプル、5,029シリーズ | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/geo/ | マイクロアレイもしくはSAGEによる遺伝子発現 | |||||
| dbEST | NCBI dbEST | NCBI | カタログ | USA | データバンク | 遺伝子発現 | 7 | 2007-02-14 | 米国ESTデータバンク | GenBank EST division として収集されているデータセット。 | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/dbEST/ | EST配列（GenBankの一部 | |||||||
| dbSNP | dbSNP Home Page | NCBI, NHGRI | カタログ | USA | データバンク | DNA, 多型 | 7 | 2007-02-14 | 米国多型データバンク | SNPおよび短い挿入／欠失多型を収集したデータベース。 | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/get_html.cgi?whichHtml=overview | 50,685,594エントリ | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/snp_summary.cgi | SNPおよび短い挿入／欠失多型 | |||||
| IMB Jena Image Library | JenaLib - Home | Institute of Molecular Biotechnology (IMB), Jena / Germany | カタログ | Germany | 注釈 | タンパク質, 立体構造 | 7 | 2007-02-14 | 生体高分子立体構造の注釈書 | PDB, NDBのデータを、分子種、特徴的な部分構造(SITE)、hetero compoundの有無から再整理したデータベース。 | http://www.imb-jena.de/IMAGE.html | PDB, NDB | 11752308 | ||||||
| InterPro | InterPro: Home | EBI | カタログ | UK | 注釈,プログラム | タンパク質, モチーフ | 7 | 2007-02-14 | タンパク質特性・機能の注釈書 | タンパク質のファミリー、ドメイン、機能部位の情報を複数のソースから収集し、専門家の手で統合したデータベース。 タンパク質各々のアミノ酸配列は、InterProtKBとして別途収集されている。 | http://www.ebi.ac.uk/interpro/project_outlines.html | UniProt, PROSITE, Pfam, PRINTS, ProDom, SMART, TIGRFAMs, PIRSF, SUPERFAMILY, Gene3D, PANTHER, SCOP, CATH, MSD, Swis-Model, MODBASE | 13,828エントリ | 17202162 | http://www.ebi.ac.uk/interpro/release_notes.html | ||||
| Yeast snoRNA Database | UMASS Amherst Yeast snoRNA Database | University of Massachusetts Amherst | カタログ | USA | プロジェクト | RNA | 微生物, 酵母 | 7 | 2007-02-14 | 出芽酵母snoRNA | 出芽酵母snoRNAの構造、他のRNAとの相互作用を記述したデータベース。 | http://people.biochem.umass.edu/sfournier/fournierlab/snornadb/overview.php | SWISS-PROT, ENZYME, HOBACGEN | 76件 | 9847166 | ||||
| NRSub | NRSub database | カタログ | France | プログラム | タンパク質, 配列,DNA, 配列 | 微生物, 枯草菌 | 7 | 2007-02-14 | 枯草菌ゲノム自動アノテーション | 枯草菌ゲノムに対して、SWISS-PROT, ENZYME, HOBACGENのエントリをマップし、クロスリファレンスを構成したデータベース。 | http://pbil.univ-lyon1.fr/nrsub/nrsub.html | 9399801 | |||||||
| Prolysis | PROLYSIS | Universite Francois Rabelais, Tours | カタログ | France | 辞典 | タンパク質, 機能 | 7 | 2007-02-14 | プロテアーゼの辞書 | プロテアーゼ、プロテアーゼ阻害剤を収集したデータベース。 プロテアーゼの生化学的特性、立体構造、阻害剤の構造と特性を収録。 入力アミノ酸配列より、プロテアーゼ切断部位を検索するツールあり。 | http://delphi.phys.univ-tours.fr/Prolysis/ | ||||||||
| MEROPS: the peptidase database. | MEROPS - the Peptidase Database | Sanger Institute | カタログ | UK | 注釈 | タンパク質, 機能 | 16381862 | 6 | 2007-02-14 | ペプチダーゼ／阻害剤の注釈書 | ペプチダーゼとそれを阻害するタンパク質を収集したデータベース。 ペプチダーゼおよび阻害タンパク質は構造を基準に階層的に分類されており、ファミリー分類がなされているものはそれを基準に、そうでないもの（最近のデータ）は相同性を基準に分類される。 （後者はCLANと呼ばれる） その他、低分子の阻害剤も収集されている。 | http://merops.sanger.ac.uk/ | 55,133配列、2,330種類 | http://merops.sanger.ac.uk/cgi-bin/make_statistics_index?type=peptidase | |||||
| The UCSC Genome Browser Database: update 2006. | UCSC Genome Browser Home | UCSC | カタログ | USA | プログラム | アノテーション | 16381938 | 6 | 2007-02-14 | ゲノム自動アノテーション | ゲノム配列の公開された脊椎動物および主要なモデル生物について、機械的アノテーションを行ったデータベース。 アノテーションはその種類ごと（マーカー、BACエンドマップ位置、RefSeqエントリ、Genescan結果、ESTマップ位置など多種）にトラックとして独立に管理されている。 プロテオーム（Proteome Browser）、in-situ画像（VisiGene）は別枠になっている。 | http://genome.ucsc.edu/ | |||||||
| Gramene: a bird's eye view of cereal genomes. | カタログ | USA | アクセス不可 | 16381966 | 6 | x | |||||||||||||
| SGD - Saccharomyces Genome Database | Saccharomyces Genome Database | Stanford Univ. | カタログ | USA | プロジェクト,データバンク | アノテーション | 微生物, 酵母 | 6 | 2007-02-14 | 酵母ゲノム／アノテーション | 出芽酵母の分子生物学的、遺伝学的データを収集し、「遺伝子」を基準に整理したデータベース。 アノテーションの多くは、文献からの手動の情報抽出に依存している。 遺伝子のゲノム上の位置、GOアノテーション、核酸／アミノ酸配列、表現型、発現データなどが登録されている。 | 17142221 | 17142221 | 遺伝子、アノテーション（コミュニティーに参加する必要あり | |||||
| STACK | SA National Bioinformatics Institute | The South African National Bioinformatics Institute | カタログ | South Africa | プログラム | 遺伝子発現 | 6 | 2006-10-05 | ヒトEST自動クラスタリング結果 | ヒトESTおよびmRNAを、発現組織、発生ステージ、関連する病気ごとにカテゴリ分類し、各カテゴリを独自の手法でクラスタリングした結果を納めたデータベース。 Splicing variantの記述あり。 DB構築用システムも公開されている。 | 11125101 | GenBank, RefSeq | 11125101 | ||||||
| COG - Clusters of Orthologous Groups of proteins | COGs - Clusters of Orthologous Groups | NCBI | カタログ | USA | プログラム | タンパク質, 配列 | 6 | 2007-02-14 | タンパク質オルソログ・グループ | ゲノムが解析された原核／単細胞真核生物のタンパク質を、オルソロググループに分類したデータベース。 グループは機能カテゴリ（GOアノテーション）ごとに分類されている。 真核生物ゲノム上で予測されたオルソログを同様に分類したデータベースはKOGとして別途公開されている。 | 12969510 | 66ゲノム | 12969510 | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/ | |||||
| Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology | The Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology | CNRS-IGR, University Hospital, Poitiers, France | カタログ | France | 辞典 | 病気, ガン | 6 | 2007-02-13 | 腫瘍細胞遺伝学の辞書 | 腫瘍やガン関連病の細胞遺伝学的情報や臨床情報を収集したデータベース。 遺伝子（核酸、タンパク質、変異、関連する病気）、細胞遺伝学／臨床情報（臨床像、細胞遺伝学的データ、関連遺伝子、複合遺伝子、融合タンパク質）、ガン関連病（遺伝モード、臨床像、腫瘍形成リスク、細胞遺伝学的データ、関連遺伝子、タンパク質、変異）が、それぞれ別個に収集されている。 臨床例のレポートも収集されている。 | 12520000 | 12520000 | |||||||
| GadFly | BDGP: Home | The Berkeley Drosophila Genome Project (Drosophila Genome Center, Howard Hughes Medical Institute) | カタログ | USA | プロジェクト | アノテーション | 無脊椎動物, ショウジョウバエ | 6 | 2007-02-14 | ショウジョウバエゲノム／アノテーション | ショウジョウバエゲノムプロジェクトで生成した各種データを集約したサイト。 (1) ゲノム配列およびアノテーション。 (2) in-situ hybridizationによる遺伝子発現パターン。 マイクロアレイで検証されている。 アノテーションはコントロールされた語を用いて人手で行われている。 (3) ESTおよび全長cDNA配列。 (4) トランスポゾン配列。 (5) 単一のP transposable element による遺伝子破壊株。 (6) Drosophila種間の比較ゲノム。 (7) SNPマップ。 | http://www.fruitfly.org/ | |||||||
| BRENDA | Enzyme Database - BRENDA | BioInformatics Center, Cologne University | カタログ | Germany | 知識モデル | タンパク質, 機能 | 6 | 2007-02-14 | 酵素の辞書 | 酵素に関する情報を文献より手動で抽出しまとめたデータベース。 EC番号を基準に整理され、構造、配列、機能、反応特性、単離方法、安定性、ソースとなった生物種／組織／局在、病気との関連が記述されている。 | 17202167 | 17202167 | |||||||
| CropNet | カタログ | UK | アクセス不可 | 6 | x | ||||||||||||||
| SCOP - Structural Classification Of Proteins | SCOP: Structural Classification of Proteins | The Medical Research Council (MRC) | カタログ | UK | 注釈 | タンパク質, 立体構造 | 6 | 2007-02-14 | タンパク質立体構造の分類注釈書 | 立体構造既知のタンパク質を、そこに含まれるドメインの進化的および構造上の関連性から階層的に分類したデータベース。 分類は専門化が手動で行っている。 | http://www.oxfordjournals.org/nar/database/summary/282 | PDB | 27,599エントリ、75,930ドメイン、971折れ畳み、1,589スーパーファミリー、3,004ファミリー | 14681400 | http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/count.html | ||||
| Rat Genome Database | Rat Genome Database | Medical College of Wisconsin | カタログ | USA | プロジェクト,データバンク | アノテーション | 脊椎動物, 哺乳類, ラット | 6 | 2007-02-14 | ラットゲノム／アノテーション | ラットゲノムおよび遺伝子に関する情報を収集したデータベース。 マップ（遺伝子、RH）、遺伝子、QTL、SSLP、EST/cDNA、系統（株）、配列が登録されている。 疾患を切り口としてラット、マウス、ヒトの間で遺伝子およびQTLを比較した表示インターフェースが別途存在する。 | 17151068 | 17151068 | 系統、遺伝子、QTL | |||||
| ProDom | ProDom home page | INRA and CNRS | カタログ | France | プログラム | タンパク質, 配列 | 6 | 2007-02-14 | タンパク質ドメイン／ファミリー | 既知のアミノ酸配列を機械的に分類し、ドメインを抽出して構築したデータベース。 SWISS-PROT, trEMBLを素材にPSI-BLASTを用いてファミリー分類を行う。 各ファミリーでマルチプルアラインメントを行ってドメインを探索する。 全アミノ酸配列を用いたProDom、決定済みゲノム由来のアミノ酸配列のみを用いたProDom-CGがある。 | http://www.oxfordjournals.org/nar/database/summary/214 | SWISS-PROT, trEMBL, SCOP | 15608177 | ||||||
| NDB | Nucleic Acid Database (NDB) | Rutgers, the State University of New Jersey | カタログ | USA | データバンク | DNA, 立体構造 | 6 | 2007-02-14 | 核酸立体構造データバンク | 核酸立体構造情報を研究者より受付け、データベース化して公開している。 | http://ndbserver.rutgers.edu/about_ndb/index.html | 3,407件 | 1384741 | http://ndbserver.rutgers.edu/ | 結晶構造解析による核酸立体構造 | ||||
| HGVbase | HGVbase - Human Genome Variation Database | Karolinska Institute, EBI | カタログ | Sweden | 注釈 | DNA, 多型 | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト | 6 | 2007-02-14 | ヒトゲノム多様性に関する注釈書 | ヒトゲノム多様性（多くはSNPだが、その他にindel, tandem repeat）を収集したデータベースで、直近の遺伝子との物理的、機能的関係が記述されている。 データは公開データベース、文献から取得されるほか、以前は研究グループからの提供も受付けていたが現在は中止。 dbSNPと定期的にデータ交換。 | http://hgvbase.cgb.ki.se/cgi-bin/main.pl?page=design_and_content.htm | dbSNP | 8,924,237エントリ | 14681471 | http://hgvbase.cgb.ki.se/ | |||
| SubtiList | SubtiList Web Server | Institut Pasteur | カタログ | France | プログラム | アノテーション | 微生物, 枯草菌 | 6 | 2007-02-14 | 枯草菌ゲノム自動アノテーション | 枯草菌ゲノムに対するアノテーション（遺伝子位置と機能アサインメント、参考文献へのリンク）を登録したデータベース。 | 11752255 | 11752255 | ||||||
| DIP - Database of Interacting Proteins | DIP:Home | UCLA | カタログ | USA | 注釈 | 相互作用 | 6 | 2007-02-14 | タンパク質相互作用の注釈書 | タンパク質間相互作用の実験的証拠を文献より収集、整理したデータベース。 実験手法をベースに各エントリの信頼性を評価し、最も信頼できるサブセットをCOREとして準備している。 | 14681454 | 19,206タンパク質、55,894相互作用、62,871実験、3,137論文（その他のソース34 | 14681454 | http://dip.doe-mbi.ucla.edu/dip/Stat.cgi | |||||
| The tmRDB and SRPDB resources. | tmRDB Welcome | University of Texas Health Science Center at Tyler | カタログ | Denmark | プログラム | RNA | 16381838 | 5 | 2007-02-14 | tmRNA | tmRNA（tRNAとmRNA両方の機能を持つ安定な低分子RNAで、バクテリアに広く存在する）、SRP RNA (signal recognition particle RNA) 、proteolysisタグペプチド、関連タンパク質を収集したデータベース。 各配列のほか、マルチプルアラインメント、トポロジー構造（tmRNA, SRP RNAのみ）、立体構造が収録されている。 | 16381838 | GenBank | ||||||
| SMART 5: domains in the context of genomes and networks. | SMART: Main page | EMBL | カタログ | Germany | 注釈 | タンパク質, モチーフ | 16381859 | 5 | 2007-02-14 | タンパク質ドメインモデルの注釈書 | タンパク質のドメインを表すモデルを手動で構築し、それを収集したデータベース。 シグナル伝達、細胞外、クロマチン関連タンパク質ドメインファミリーが登録されている。 各ドメインの系統的分布範囲、機能クラス、立体構造、機能的に重要な残基の情報が併せて登録されている。 Normal SMARTは、SWISS-PROT, trEMBL, Ensembl proteome （安定版）を素材にしたデータベース。 Genomic SMARTは、全長が決定されたゲノムに由来するタンパクのみを素材にしたデータベース。 | http://smart.embl.de/help/smart_about.shtml | SWISS-PROT, trEMBL, Ensembl | ||||||
| The Gene Ontology (GO) project in 2006. | the Gene Ontology | Gene Ontology Consortium (GO-EBI) | カタログ | USA | 知識モデル | 文献 | 16381878 | 5 | 2007-02-14 | 遺伝子オントロジーの知識モデル | 遺伝子、遺伝子の産物、配列を記述するのに使用する、構造化されコントロールされた語彙を提供するデータベース。 | 16381878 | |||||||
| WormBase: better software, richer content. | WormBase - Home Page | CSHL | カタログ | USA | プロジェクト,データバンク | アノテーション | 無脊椎動物, 線虫 | 16381915 | 5 | 線虫ゲノム／アノテーション | C.elegansおよび他の線虫の生物学的情報を収集したデータベース。 ゲノム（構造、機能、多型、比較ゲノム）、遺伝子（構造、発現、表現型、RNAi）、系統（系統株、遺伝学、マーカー）、文献情報が収集されている。 | 17099234 | 17099234 | 遺伝子、タンパク質、細胞、形態など、WormBaseの全データ種類 | |||||
| IMGT/LIGM-DB, the IMGT comprehensive database of immunoglobulin and T cell receptor nucleotide sequences. | IMGT Home page | CINES (Centre Informatique National de l'Enseignement Superieur), Montpellier, France (IMGT/MHC-DB is hosted at EBI) | カタログ | France | 注釈,プログラム | タンパク質, 抗体 | 16381979 | 5 | 2007-02-14 | 免疫学関連タンパク質の注釈書 | ヒトおよび他の脊椎動物の免疫グロブリン(IG)、T細胞レセプター(TR)、主要組織適合性複合体(MHC)、その他免疫関連タンパク質(RPI)を収集したデータベース。 IMGT/LIGM-DB（IG, TR配列）、IMGT/MHC-DB（MHC配列）、IMGT/PRIMER-DB（IG、TRに対するプライマ）、IMGT/GENE-DB（ヒト、マウスの免疫系関連遺伝子をゲノムを基準に整理）、IMGT/3Dstructure-DB（立体構造既知の免疫系関連遺伝子）の5つのデータセットからなる。 | 16381979 | EMBL, PDB | 105,188 (LIGM)、2,683 (MHC)、1,864(PRIMER)、1,512(GENE)、1,221(3Dstructure) | http://imgt.cines.fr/ | ||||
| yMGV - Yeast microarray global viewer | yMGV - yeast Microarray Global Viewer | Laboratoire de Genetique Moleculaire, CNRS, Ecole Normale Superieure, Paris, France | カタログ | France | プログラム | 遺伝子発現 | 微生物, 酵母 | 5 | 2007-02-14 | 酵母の遺伝子発現 | 出芽酵母、分裂酵母の遺伝子発現を解析したマイクロアレイ実験結果を収集したデータベース。 | 14681424 | 82論文、1544実験 | 14681424 | http://transcriptome.ens.fr/ymgv/about_ymgv.php | ||||
| Wnt Database | The Wnt Homepage | Howard Hughes Medical Institute, Beckman Center, Stanford University Medical Center | カタログ | USA | 辞典 | タンパク質, 機能 | 5 | 2007-02-14 | Wntタンパク質の辞書 | Wntタンパク質（胚発生期の細胞間相互作用を制御するタンパク質で、高度に保存されている）に関する情報を収集したポータルサイト。 生物種ごと、トピックごとに異なる形式で表現されている。 シグナルパスウェイ情報（画像）あり。 | http://www.stanford.edu/~rnusse/wntwindow.html | ||||||||
| S.pombe genome project | S.pombe | Sanger Institute | カタログ | UK | プロジェクト | アノテーション | 微生物, 酵母 | 5 | 2007-02-14 | 酵母ゲノム／アノテーション | Sanger Instituteで行われた分裂酵母ゲノムプロジェクトで生成したデータを掲載したデータベース。 ゲノム配列とそのアノテーション、GOアノテーション、クローンライブラリ、マッピング用リソース（tiling path、遺伝地図、物理地図）が掲載されている。 | http://www.sanger.ac.uk/Projects/S_pombe/ | |||||||
| PEDB | Human and Mouse Prostate Information | Fred Hutchinson Cancer Research Center | カタログ | USA | プロジェクト | 遺伝子発現 | 5 | 2007-02-14 | 前立腺の遺伝子発現 | ヒトおよびマウスの前立腺における遺伝子発現をEST、マイクロアレイ、マススペクトロメトリー（タンパク）で解析し、その結果を掲載したデータベース。 | http://www.pedb.org/ | 11752298 | |||||||
| MaizeGDB | MaizeGDB | Iowa State University | カタログ | USA | プロジェクト | アノテーション | 植物, トウモロコシ | 5 | 2007-02-14 | トウモロコシゲノム／アノテーション | トウモロコシのゲノムおよびリソースに関する情報を収集したデータベース。 ゲノム配列、保存されている系統と表現型、変異株、遺伝地図が掲載されている。 | http://www.oxfordjournals.org/nar/database/summary/526 | 17202174 | ||||||
| The tmRNA website | The tmRNA Website | Department of Biology, Indiana University | カタログ | USA | 注釈,プログラム | RNA | 微生物, 細菌 | 5 | 2007-02-14 | tmRNAの注釈書 | tmRNAの情報を収集したデータベース。 配列、2次構造（配列中の各塩基を構造上の要素に応じて色分け）、対応するproteolysisタグペプチドの他、tmRNA配列全セットおよびタグペプチド全セットのマルチプルアラインメントが掲載されている。 配列はdirect sequencingにより決定したものと、公開データベースより取得したものが存在する。 | 14681369 | GenBank | 632配列、514生物種 | 14681369 | http://www.indiana.edu/~tmrna/docs/index.html | |||
| GPCRDB | GPCRDB home page | Department of Cellular and Molecular Pharmacology, UCSF | カタログ | USA | プログラム | タンパク質, 機能 | 5 | 2007-02-14 | Gタンパク質結合受容体 | Gタンパク質結合受容体情報を公開データベースより取得し、それらに解析結果を付与して整理したデータベース。 配列、変異位置、立体構造（PDB由来データと予測モデル）、リガンド結合定数、ファミリーごとのマルチプルアラインメントと系統樹が掲載されている。 | 12520006 | SWISS-PROT, trEMBL, TinyGRAP, PDB | 6,263配列、2,577変異、1,898 3Dモデル | 12520006 | http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content-nw/full/31/1/294/GKG103TB1 | ||||
| ArrayExpress | ArrayExpress Home | EBI | カタログ | UK | データバンク | 遺伝子発現 | 5 | 2007-02-14 | 欧州マイクロアレイ遺伝子発現データバンク | EBIで運営されている、マイクロアレイによる遺伝子発現データを受け付けて公開するデータベース。 アレイ（デザイン）、遺伝子発現、プロトコルをそれぞれ別個に登録できる。 現在対応するデータタイプはCHiP-chip, CGH, 遺伝子発現, タンパク質アレイ, RNAi。 | http://www.oxfordjournals.org/nar/database/summary/338 | 17132828 | マイクロアレイによる遺伝子発現 | ||||||
| Yeast Intron Database | Ares Lab Yeast Intron Database | UCSC | カタログ | USA | 注釈,プロジェクト | DNA, 配列 | 微生物, 酵母 | 5 | 2007-02-14 | 酵母イントロンの注釈書 | 出芽酵母のイントロンを収集したデータベース。 既知のイントロンをマイクロアレイにより確認し、実在のものを実験データとともにデータベース化して公開している。 | http://www.cse.ucsc.edu/research/compbio/yeast_introns.html | |||||||
| O-GLYCBASE | O-GLYCBASE | The Technical University of Denmark | カタログ | Denmark | 注釈 | タンパク質, モチーフ | 5 | 2007-02-14 | O-glycosylatedタンパク質の注釈書 | O-linked glycosylationサイトを少なくともひとつ持つことが実験的に確認されている糖タンパク質を公開データベースおよび文献から収集し整理したデータベース。 各エントリには配列の他、グリカンの種類、O-リンクするSer, Thrの位置、N-リンクするAsnの位置、C-リンクするTrpの位置、生物種、文献情報が記述されている。 | 9847232 | SWISS-PROT, PROSITE, PDB, PIR, GlycoSuiteDB | 242エントリ | 9847232 | http://www.cbs.dtu.dk/databases/OGLYCBASE/ | ||||
| EpoDB - Erythropoiesis Database | EpoDB Home Page | Computational Biology and Informatics Laboratory , University of Pennsylvania | カタログ | USA | プログラム | 遺伝子発現 | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト | 5 | 2007-02-14 | 赤血球新生関連遺伝子 | 脊椎動物の赤血球新生時に発現する遺伝子とその配列、発現情報を、公開データベースより収集して整理したデータベース。 | 9847180 | GenBank, SWISS-PROT, Transfac, TRRD, GERD | 9847180 | |||||
| BioMagResBank | BMRB - Biological Magnetic Resonance Bank | BioMagResBank, Department of Biochemistry, University of Wisconsin-Madison | カタログ | USA | データバンク | タンパク質, 立体構造 | 5 | 2007-02-14 | NMR生体高分子立体構造データバンク | NMRにより決定された生体高分子の立体構造データを研究者より受付け、データベース化して公開している。 データベース構築に際してPDB, NDBと協力しており、BMRB経由で両バンクにデータが登録されている。 | http://www.bmrb.wisc.edu/bmrb/about/mission_statement.html | PDB, NDB | (16041478) | NMRによる生体高分子立体構造 | |||||
| BioImage | Bioimage Introduction | Department of Zoology, University of Oxford | カタログ | UK | データバンク | 画像 | 5 | 2007-02-14 | 生物学的画像データバンク | 生物学的に有用な画像（特に顕微鏡写真）を研究者より受け付けてデータベース化し、それを公開している。 画像登録時には付随する書誌情報をメタデータとして登録する。 マルチスライス画像にも対応。 | 9847201 | 9847201 | 生物学的に有用な画像（特に顕微鏡写真 | ||||||
| NetAffx | Affymetrix - NetAffx? Analysis Center | Affymetrix, Inc | カタログ | USA | プロジェクト | DNA, 配列 | 5 | 2007-02-14 | DNAchipプローブ | Affymetrix製GeneChip上のプローブセットに対するアノテーションをまとめたデータベース。 HMM, GO, UniGene, LocusLink, SWISS-PROT, OMIM との対応がとられている。 | 12519953 | 12519953 | |||||||
| MHCPEP | カタログ | Australia | アクセス不可 | 5 | x | ||||||||||||||
| AARSDB | AARS DataBase | Institute of Bioorganic Chemistry of the Polish Academy of Sciences | カタログ | Poland | プログラム | タンパク質, 機能 | 5 | 2007-02-14 | アミノアシルtRNA合成酵素 | 既知のアミノアシルtRNA合成酵素（進化的に初期の段階で出現したと信じられている酵素）を収集したデータベース。 生物種および対応するアミノ酸により分類されている。 | 11125115 | SWISS-PROT, EMBL, GenBank, PDB | 11125115 | ||||||
| Ribosomal Database Project (RDP-II) | Ribosomal Database Project II - Release 9 | Michigan State University | カタログ | USA | プログラム | RNA | 5 | 2007-02-14 | rRNA配列 | 既知のrRNA配列をGenBankより収集したデータベース。 同時に提供されているアラインメントは配列と２次構造の両方を考慮する独自のアルゴリズムで構築されている。 生物種分類の階層をベースにエントリを整理したブラウザあり。 | http://www.oxfordjournals.org/nar/database/summary/243 | GenBank | 307,898エントリ(16S rRNA) | 17090583 | http://rdp.cme.msu.edu/ | ||||
| PIR-PSD | Welcome to PIR [Protein Information Resource] | Georgetown University Medical Center | カタログ | USA | プログラム | タンパク質, 配列 | 5 | 2007-02-14 | タンパク質配列 | 2004年まではアミノ酸配列を収集するバンクとして機能。 現在は、UniProtの一部としてタンパク質アノテーション用リソースおよびツールを提供。 PIRSFは進化的観点からタンパク質全長配列をクラス分類したデータベース。 iProClassはUniProtKBに対して、PDB, COG, Pfam, GenBank, GEO, OMIM, PubMed, GO, DIP, Swiss-2DPAGE, KEGG などの様々な相互参照インデックスを付与したデータベース。 | http://pir.georgetown.edu/pirwww/ | ||||||||
| MAtDB | Arabidopsis thaliana | Institute for Bioinformatics (MIPS), GSF National Research Center for Environment and Health, Ingolstaedter Landstrasse | カタログ | Germany | プロジェクト | 植物, シロイヌナズナ | 5 | 2007-02-14 | シロイヌナズナゲノム／アノテーション | Arabidopsis Genome Initiative で決定されアノテーションされた全配列が登録されている。 ミトコンドリアゲノム、葉緑体ゲノムも同様にアノテーションされ登録されている。 | http://mips.gsf.de/proj/thal/db/about/about_frame.html | 14681437 | |||||||
| Blocks | Blocks WWW Server | Fred Hutchinson Cancer Research Center | カタログ | USA | プログラム | タンパク質, モチーフ | 5 | 2007-02-14 | タンパク質保存領域 | 既知のタンパク質ファミリーごとに、高度に保存されている領域をギャップなしでアラインメントし、その結果を収集したデータベース。 | http://www.oxfordjournals.org/nar/database/summary/203 | InterPro, Prints | 11,853ブロック、2,608ファミリー | 10592233 | http://blocks.fhcrc.org/blocks/help/blocks_release.html | ||||
| DPInteract | DPInteract | Harvard Medical School | カタログ | USA | 注釈 | 相互作用 | 5 | 2007-02-14 | 大腸菌DNAタンパク質結合サイトの注釈書 | 大腸菌ゲノムのタンパク質結合サイトを収集したデータベース。 既知のサイトを基に認識マトリクスを構築し、それを用いて予測したサイトも登録されている。 各サイトにはアノテーションが行われている。 | http://arep.med.harvard.edu/dpinteract/welcome.html | 9813115 |
