データベース一覧(構築型分類 簡略版)
出典: WINGpro
国内のデータベースは開発あるいは提供機関別に、国外のデータベースはカタログサイトへの登録数が多い順に並べている。
| 名称 | 概要 | 開発機関 | 国名 | 型分類 | 対象 | 生物種 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Oryzabase | Rice genetics and genomics | 遺伝研 | Japan | 辞典 | 植物, イネ | |
| ABA | Ascidian body atlas: digital 3D model of ascidian development | 遺伝研 | Japan | プロジェクト | 形態 | 無脊椎動物, ホヤ |
| PEC | Profiling of E. coli chromosome | 遺伝研 | Japan | 辞典 | アノテーション | 微生物, 大腸菌 |
| BodyMap-Xs | A database for cross-species comparison of vertebrate gene expression | 遺伝研 | Japan | プログラム | 遺伝子発現 | |
| Moue Microsatellite Data Base of Japan (MMDBJ) | マウス系統のマイクロサテライトマーカーの多型情報の統合データベース | 遺伝研 | Japan | プログラム,データバンク | DNA, 多型 | 脊椎動物, 哺乳類, マウス |
| RAP-DB | Rice annotation project database | 遺伝研DDBJ 農業生物資源研究所 | Japan | プログラム | アノテーション | 植物, イネ |
| GTOP | Protein fold predictions from genome sequences | 遺伝研DDBJ | Japan | プログラム | タンパク質, 立体構造 | |
| PMD | Compilation of protein mutant data | 遺伝研DDBJ | Japan | 辞典 | タンパク質, 変異 | |
| Genome Information Broker | DDBJ’s collection of genome databases | 遺伝研DDBJ | Japan | プログラム | DNA, 配列 | |
| DDBJ - DNA Data Bank of Japan | All known nucleotide and protein sequences | 遺伝研DDBJ | Japan | データバンク | DNA, 配列 | |
| DDBJ/CIB ヒトゲノム情報工房 | 国際DNAデータベースに公開された配列情報を独自の方法で染色体配列を作成し、公開 | 遺伝研DDBJ | Japan | アクセス不可 | ||
| CIBEX | マイクロアレイデータを中心とする遺伝子発現データベース | 遺伝研DDBJ | Japan | データバンク | 遺伝子発現 | |
| 実験動物「線虫」変異体データベース | 線虫の遺伝子構造を基礎に、線虫変異体を逆遺伝学的に収集・保存・提供を行っている． | 遺伝研 生物遺伝資源情報センター | Japan | リソース | ||
| JMSR(Japan Mouse Strain Resources Database) | マウス系統の統合検索システム． | 遺伝研 生物遺伝資源情報センター | Japan | リソース | ||
| Silver | 類人猿ゲノム配列データベース | 遺伝研・集団遺伝研究部門 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 脊椎動物, 哺乳類, 霊長類 |
| 古代 DNA データベース(Ancient Genome Encyclopedia : AGE) | 古代 DNA に関する論文の内容を表示・分類している． | 遺伝研斎藤研究室 | Japan | 辞典 | DNA, 配列 | |
| Microbial Genome Workbench | ゲノム配列が公開されているバクテリアおよび古細菌を対象とした遺伝子の検索や各種解析ツール | 遺伝研分子遺伝研究系 | Japan | プログラム | DNA, 配列,タンパク質, 配列 | 微生物, 細菌,微生物, 古細菌 |
| KEGG Pathway | Metabolic and regulatory pathways in complete genomes | ゲノムネット | Japan | 知識モデル | 相互作用 | |
| BRITE | Biomolecular relations in information transmission and expression, part of KEGG | ゲノムネット | Japan | 知識モデル | 相互作用 | |
| Glycan | Carbohydrate database, part of the KEGG system | ゲノムネット | Japan | プログラム | 糖 | |
| DBGET | 広範囲にわたる分子生物学データベースに対する単純なデータベース取得システム． | ゲノムネット | Japan | プログラム | ||
| AAindex | Physicochemical properties of amino acids | ゲノムネット | Japan | 知識モデル | タンパク質, アミノ酸特性 | |
| LIGAND | Chemical compounds and reactions in biological pathways | ゲノムネット | Japan | プログラム | 相互作用 | |
KEGG
| Kyoto encyclopedia of genes and genomes: databases on genes, proteins, and metabolic pathways | ゲノムネット | Japan | カタログ | 相互作用 | |
| MBGD | Microbial genome database for comparative analysis | ゲノムネット | Japan | プログラム | 比較ゲノム | 微生物, 酵母,微生物, 細菌,微生物, 古細菌 |
| BSORF | Bacillus subtilis genome database at Kyoto U. | ゲノムネット | Japan | プロジェクト | 微生物, 枯草菌 | |
| MAGEST | 脊索動物尾索類であるマボヤのESTデータベース。 | ゲノムネット | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 無脊椎動物, ホヤ |
| ODB | Operon database | 京大化研 | Japan | 知識モデル | DNA, 配列 | |
| GenomeNet:ゲノムネット | 生物学・医学のデータベースと解析ツールが掲載． | 京大化研 | Japan | 解析サービス | ||
| EXPRESSION | マイクロアレイによる遺伝子発現情報のデータベース． | 京大化研 | Japan | プログラム | 遺伝子発現 | |
| リンク情報データベースLinkDB | 様々なプロジェクトで構築されている分子生物学データベース間の関連情報を網羅的に抽出 | 京大化研 | Japan | プログラム | ||
| CYORF (Cyanobacteria Gene Annotation Database) | らん藻遺伝子の機能アノテーションデータベース | 京大化研 | Japan | プロジェクト | アノテーション | 微生物, シアノバクテリア |
| SSDB (Sequence Similarity Database) | 遺伝子間の関連を示すジーンユニバースデータベース． | 京大化研 | Japan | プログラム | 比較ゲノム | |
| PDBSTR | タンパク質、核酸の立体構造データベース． | 京大化研 | Japan | プログラム | タンパク質, 立体構造 | |
| GENES | 遺伝子のアミノ酸配列を蓄積したもの． | 京大化研 | Japan | プログラム | タンパク質, 配列 | |
| GLIDA | G-protein coupled receptors ligand database | 京大薬学部(辻本先生) | Japan | プログラム | 相互作用 | |
| ライフサイエンス辞書 | 広範な生命科学（ライフサイエンス）の学問領域で使われる専門用語，対訳，用法，各種の統計情報を分析，収集し，辞典，ツールを作成 | 京都大学大学院薬学系 | Japan | 知識モデル | 文献 | |
| siDirect | siDirect は、ヒトおよびマウスの遺伝子配列を受け取ると、siRNA配列を短時間で計算するウェブサーバー | 東大 | Japan | 解析サービス | ||
| UT Genome Browser (Medaka) | メダカゲノムのドラフト配列の公開 機械的なアノテーション（EST, 遺伝子予測, 他種との比較ゲノム） | 東大 | プロジェクト | 脊椎動物, 魚類 | ||
| JSNP | Japanese SNP database | 東大医科研 科学技術振興機構 | Japan | プロジェクト | DNA, 多型 | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト |
| Full-Toxoplasma | ヒトに寄生するトキソプラズマ（Toxoplasma gondii）の全長cDNAデータベース | 東大医科研 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 無脊椎動物, 寄生虫 |
| HAL | 信頼性の高い遺伝子発見プログラム群を用いて作成したヒトゲノムの網羅的で体系的なアノテーション | 東大医科研 | Japan | プログラム | アノテーション | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト |
| DBTSS | 各種の生物種の遺伝子転写開始点とその上流の転写制御配列に関するデータベース。 | 東大医科研 | Japan | プロジェクト | DNA, 制御領域 | |
| Full-Malaria | Full-length cDNA library from erythrocytic-stage Plasmodium falciparum | 東大医科研 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 無脊椎動物, 寄生虫 |
| BodyMap | Human and mouse gene expression data | 東大医科研 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 脊椎動物, 哺乳類, マウス,脊椎動物, 哺乳類, ヒト |
| CGED | Cancer gene expression database | 東大医科研HGC | Japan | アクセス不可 | ||
| DBTGR | A database of tunicate (Ciona) gene regulation | 東大医科研HGC | Japan | 知識モデル,注釈 | 相互作用 | 無脊椎動物, ホヤ |
| DBTBS | Bacillus subtilis promoters and transcription factors | 東大医科研HGC | Japan | 知識モデル | DNA, 制御領域 | 微生物, 枯草菌 |
| GENA (Gene Name Dictionary) | 遺伝子と遺伝子産物の正式名、シンボル（記号）、同義語を容易に見つけることができるデータベース. | 東大医科研HGC | Japan | 知識モデル | 文献 | |
| Kinase Pathway Database | ゲノム配列が決定された主な真核生物のキナーゼに関する統合データベース. | 東大医科研HGC | Japan | プログラム | 相互作用 | |
| Protein Interaction Prediction Server (PIPS) | 配列からタンパク質の相互作用を予測するシステム. | 東大医科研HGC | Japan | 解析サービス | ||
| PRIME (PRotein Interaction and Molecular information databasE) | ゲノム配列が決定された主な真核生物のキナーゼに関する統合データベース. | 東大医科研HGC | Japan | プログラム | 相互作用 | |
| KEGG DAS | ゲノムが決定された生物種の配列と分散アノテーション（DAS）情報 | 東大医科研HGS | Japan | 解析サービス | ||
| INOH pathway database | グラフ表現とオントロジーアノテーションにより、高付加価値情報を文献から抽出したモデル生物のパスウエイデータベース | 東京大学新領域創成科学 | Japan | 知識モデル | 相互作用 | |
| BloodSAGE | ヒト血液系発現頻度プロファイル | 東京大学新領域創成科学 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト |
| GenomeSURF | プライマ、オリゴマ設計のための頻度分布情報 | 東京大学新領域創成科学 | Japan | アクセス不可 | ||
| Gene Resource Locator | Alignment of ESTs with finished human sequence | 東大新領域 | Japan | アクセス不可 | ||
| SCMD | Saccharomyces cerevisiae morphological database: micrographs of budding yeast mutants | 東大新領域 | Japan | プロジェクト | 形態,遺伝子発現 | 微生物, 酵母 |
| 5'SAGE | 5'-end serial analysis of gene expression | 東大新領域 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト |
| Medaka EST database | ESTデータ、迅速変異マッピングシステム、オリゴチップ Medaka Microarray 8Kに関する情報を提供 | 東大大学院理学系研究科 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 脊椎動物, 魚類 |
| 遺伝子発現ﾌﾟﾛﾌｧｲﾙ | SAGE 法による遺伝子発現ﾌﾟﾛﾌｧｲﾙ | 東京大学大学院医学系研究科分子予防医学教室 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト |
| 線虫の生殖腺関連遺伝子のRNAi結果 | 線虫の生殖腺特異的発現168遺伝子を対象にRNAi法を用いて機能阻害を行った結果を記載 | 東大遺伝子実験施設 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 無脊椎動物, 線虫 |
| SilkBase | カイコ Bombyx mori（鱗翅目カイコガ科の昆虫）のESTデータベース。今のところ約30,000個のcDNAの5'端塩基配列が登録されている。三田和英博士（農業生物資源研）ほかとの共同研究により作成した。 | 東大 大学院 農学生命科学研究科生産・環境生物学専攻 昆虫遺伝研究室 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 無脊椎動物, 昆虫 |
| Bombyx Mutants Photographs | Silkworm Bombyx mori ESTs, mutants, photographs | 東大農学部 | Japan | |||
| カイコ完全長cDNAデータベース | カイコの完全長cDNA配列データベース | 東京大学大学院農業生命科学研究課 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 無脊椎動物, 昆虫 |
| SBMデータベース（Systems Biology and Medicine Database） | ヒトの包括的な遺伝子発現データベース． | 東大RCASTシステム生物医学ラボラトリー | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | |
| 薬物トランスポーター情報統合データベース | トランスポータに関する統合的なデータベース | 東京大学大学院薬学系研究科 | Japan | 辞典 | 薬物 | |
| MitoFish (魚類ミトコンドリアデータベース) | 魚類のミトコンドリアゲノムデータを収集 | 東京大学海洋学研究所 | Japan | プログラム | DNA, 配列 | 脊椎動物, 魚類 |
| GiiB-JST mtSNP | ミトコンドリアゲノム多型の相互連鎖、疾患関連、機能的相違に関する総合情報を提供 | JST | Japan | 辞典 | DNA, 多型 | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト |
| 病原微生物統合データベース | 病原微生物統合データベース． | JST | Japan | リソース | ||
| HOWDY | Human organized whole genome database | JST | Japan | プログラム | DNA, 配列 | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト |
| HGS (Human Genome Sequencing) | ヒトの第1・3・6・8・9・21・22染色体データベース． | JST | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト |
| GDBJAPAN | ヒト遺伝子地図情報 | JST | プロジェクト | DNA, 配列 | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト | |
| RARGE | RIKEN Arabidopsis genome encyclopedia: cDNAs, mutants and microarray data | 理研GSC | Japan | プロジェクト | 植物, シロイヌナズナ | |
| ARTADEdb | Arabidopsis tiling-array-based detection of exons | 理研GSC | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 植物, シロイヌナズナ,植物, シロイヌナズナ |
| FANTOM | Functional annotation of mouse full-length cDNA clones | 理研GSC | Japan | 注釈 | アノテーション | 脊椎動物, 哺乳類, マウス |
| FREP | Functional repeats in mouse cDNAs | 理研GSC | Japan | プログラム | DNA, モチーフ | 脊椎動物, 哺乳類, マウス |
| CAGE | CAGE tags for cap-analysis of gene expression | 理研GSC | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 脊椎動物, 哺乳類, マウス,脊椎動物, 哺乳類, ヒト |
| EICO DB | Expression-based imprint candidate organiser: a database for discovery of novel imprinted genes | 理研GSC | Japan | プログラム | 遺伝子発現,アノテーション | 脊椎動物, 哺乳類, マウス |
| PFGWEB, トランスポゾン挿入変異体データベース | シロイヌナズナのトランスポゾン挿入変異体約12,000ラインの挿入位置情報や近傍遺伝子を公開 | 理研GSC | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 植物, シロイヌナズナ |
| RARGE, トランスポゾン挿入変異体データベース | シロイヌナズナのトランスポゾン挿入変異体約12,000ラインの挿入位置情報や近傍遺伝子を検索 | 理研GSC | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 植物, シロイヌナズナ |
| データ統合検索システム（GPS:Genome-Phenome Superhighway） | Forward Genetics、Reverse Genetics、Data Integration等を連携させた統合システム． | 理研GSC | Japan | 解析プログラム | アノテーション | |
| FACTS | 遺伝子に、文献情報をマッピングしたデータベース． | 理研GSC ゲノム情報先端技術研究グループ | Japan | プログラム | 文献 | |
| RAFL cDNAs | シロイヌナズナの完全長cDNA情報のデータベース． | 理研GSC 植物ゲノム機能情報研究グループ | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 植物, シロイヌナズナ |
| MAEDA (Micro Array Expression DAta search) | シロイヌナズナの遺伝子発現データベース． | 理研GSC 植物ゲノム機能情報研究グループ | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 植物, シロイヌナズナ |
| シロイヌナズナ完全長cDNAクローンカタログ | シロイヌナズナの完全長cDNAクローンのカタログ． | 理研バイオリソースセンター(BRC)実験植物開発室 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 植物, シロイヌナズナ |
| ヒメツリガネゴケ完全長cDNAクローンカタログ | ヒメツリガネゴケの完全長cDNAクローンのカタログ。 | 理研バイオリソースセンター(BRC)実験植物開発室 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 植物, ヒメツリガネゴケ |
| GETDB - Gal4 Enhancer Trap Insertion Database - | ショウジョウバエにおいてGal4-UAS法に基づくエンハンサートラップ系統をNPコンソーシアムとして約４６００の挿入系統を作成し、すべてを検定。 | 理研 発生・再生科学総合研究センター | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 無脊椎動物, ショウジョウバエ |
| eF-site | Electrostatic surface of Functional site: electrostatic potentials and hydrophobic properties of the active sites | 大阪大学 | Japan | プログラム | タンパク質, 立体構造 | |
| 日本蛋白質構造データバンク (PDBj) | 蛋白質および生体高分子の立体構造データベースとそれに関連する二次データベース | 大阪大学蛋白質研究所・附属プロテオミクス総合研究センター | Japan | データバンク | タンパク質, 立体構造 | |
| eProtS (タンパク質構造百科辞典) | タンパク質の構造と機能について解説したもの． | 大阪大学蛋白質研究所付属プロテオミクス総合研究センター蛋白質情報科学研究系 | Japan | 辞典 | タンパク質, 立体構造 | |
| PRF | Protein research foundation database of peptides: sequences, literature and unnatural amino acids | PRF（蛋白質研究奨励会) | Japan | 辞典 | タンパク質, 配列 | |
| 蛋白質・核酸複合体構造データベース | 蛋白質と核酸の複合体構造を集めたデータベースで、認識モチーフや構造型にしたがって分類 | 九工大(皿井先生) | Japan | プログラム | タンパク質, 立体構造 | |
| 3DinSight | 生体分子の構造、機能と物性に関するデータを統合するためのバックボーンデータベース。 | 九工大(皿井先生) | Japan | プログラム | タンパク質, 立体構造 | |
| TRSIG（翻訳シグナルデータベース) | 植物を対象にmRNAの翻訳レベルでのシグナル配列と機能活性データを集めたデータベース | 九工大(皿井先生) | Japan | 知識モデル | DNA, 制御領域 | |
| ProTherm | Thermodynamic data for wild-type and mutant proteins | 九工大(皿井先生) | Japan | 知識モデル | タンパク質, 立体構造 | |
| Gallery of Biomolecules | 分子構造の画像データベース． | 九工大(皿井先生) | Japan | 辞典 | タンパク質, 立体構造 | |
| 生体分子・リガンド相互作用データベース、ProLINT | 生体分子とリガンドの相互作用に関する定量的な実験データを文献から集めたデータベース。 | 九工大(皿井先生) | Japan | 知識モデル | 相互作用 | |
| アミノ酸・塩基相互作用データベース | アミノ酸と塩基の特異的相互作用を検索するためのデータベース | 九工大(皿井先生) | Japan | プログラム | 相互作用 | |
| ProNIT | Thermodynamic data on protein-nucleic acid interactions | 九工大(皿井先生) | Japan | 知識モデル | 相互作用 | |
| dbQSNP | Quantification of SNP allele frequencies database | 九州大学(林先生) | Japan | プロジェクト | DNA, 多型 | |
| アサガオホームページ | モデル植物であるアサガオの突然変異系統情報、突然変異遺伝子リスト、連鎖地図などの情報を収集 | 九州大学 大学院理学研究院生物科学部門 染色体機能学研究室 | Japan | 辞典 | 植物, アサガオ | |
| Polymorphism of Microsatellite Marker Loci in the Japanese Population | 遺伝学距離が明確な4868マイクロサテライトマーカーの多型度情報 | 九州大学生体防御医学研究所 | Japan | プロジェクト | DNA, 多型 | |
| D-HaploDB | 単一精子由来のヒト胞状奇胎DNAを用いて約28万個のSNPをタイピング、ハプロタイプ等を表示 | 九州大学生体防御医学研究所 | Japan | プロジェクト | DNA, 多型 | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト |
| The Signaling PAthway Database (SPAD) | シグナル伝達のパスウェイを可視化している． | 九州大学大学院生物資源環境科学研究科 遺伝子制御学研究室 | Japan | 知識モデル | 相互作用 | |
| Cancer Gene Expression Database (CGED) | アダプター付加競合PCR法で測定したヒト癌組織の遺伝子発現プロファイルデータベース。 | 奈良先端科学技術大学院大学 | Japan | アクセス不可 | ||
| Brain Gene Expression Database (BGED) | アダプター付加競合PCR法で測定したマウス脳の遺伝子発現プロファイルデータベース。 | 奈良先端科学技術大学院大学 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 脊椎動物, 哺乳類, マウス |
| BED (Brain EST Database) | 小規模のマウス脳３’末端ESTのデータベース。BLAST、FASTAなど簡単な検索機能がある。 | 奈良先端科学技術大学院大学 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 脊椎動物, 哺乳類, マウス |
| The NAISTrap database or NAISTrap データベース | マウスES細胞中の遺伝子をレトロウイルス型ベクターによってランダムに トラップして得たES細胞 | 奈良先端科学技術大学院大学バイオサイエンス研究科動物遺伝子機能学講座 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 脊椎動物, 哺乳類, マウス |
| GenoBase | E. coli genome database at Nara Institute | 奈良先端大 | Japan | プロジェクト | 微生物, 大腸菌 | |
| TATA-less Promoters in Plants | 植物核遺伝子のTATAボックスの有無を解析． | 名古屋大学遺伝子実験施設 | Japan | アクセス不可 | ||
| Transcriptome analysis of 2 component system in Eschericia coli | 大腸菌２成分制御系の欠失変異株における遺伝子発現プロファイルのマイクロアレイ解析データ。 | 名古屋大学大学院生命農学研究科分子細胞機構学講座 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 微生物, 大腸菌 |
| RPG | Ribosomal protein gene database | 宮崎大学 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | |
| snoOPY | 核小体に存在する低分子 non-coding RNA (snoRNA) のデータベース | 宮崎大学 フロンティア科学実験総合センター | Japan | プログラム | RNA | |
| HarvEST | 本領域で作成した約93,000のデータをquality fileに基づいて整理し直して登録した． | 岡山大学資源生物科学研究所 | プロジェクト | 遺伝子発現 | 植物, オオムギ、コムギ,植物, イネ,植物, マメ科 | |
| barley EST database | 当研究で開発された約９万３千のEST配列について配列情報およびblast検索が可能なデータベース | 岡山大学資源生物科学研究所 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 植物, オオムギ、コムギ |
| EGTC | 登録しているほとんどすべてのES細胞からキメラマウスを作製し、マウスラインを樹立しています。 | 熊本大学 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 脊椎動物, 哺乳類, マウス |
| Cytokine Signaling Pathway Database（サイトカインシグナル伝達経路データベース） | サイトカインシグナル経路に関するデータベース． | 熊本大学大学院医学薬学研究部 | Japan | プログラム | 相互作用 | |
| Cytokine Family cDNA Database (dbCFC) | サイトカインのESTを含むcDNA及び遺伝子、タンパク質に関するレコードの収集 | 熊本大学大学院医学薬学研究部 | Japan | プログラム | DNA, 配列,タンパク質, 配列 | |
| CARD R-BASE | マウスの系統、遺伝子、疾患などのデータが記載． | 熊本大学動物資源開発研究センター | Japan | リソース | ||
| DeinoBase | ＤＮＡ修復関連タンパク質研究の基礎としてDeinococcus radioduransゲノムのコンピュータ解析結果 | 日本原子力研究所計算科学技術推進センター 量子生命情報解析グループ | Japan | アクセス不可 | ||
| ﾀﾝﾊﾟｸ質水素･水和水ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽ | ﾀﾝﾊﾟｸ質水素･水和水ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽ | 日本原子力研究所 | Japan | プロジェクト | タンパク質, 立体構造 | |
| カタユウレイボヤ EST プロジェクトホームページ | カタユウレイボヤゲノムプロジェクトコンソーシアムが行った EST 解析と網羅的 in situ 解析の結果 | 高知大学 理学部 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 無脊椎動物, ホヤ |
| Microarray analysis of embryonic retinoic acid target genes in the ascidian Ciona intestinalis | カタユウレイボヤ EST 解析に用いた 9287 クローンの cDNA を載せたマイクロアレイを用いた発現解析結果 | 高知大学 理学部物質科学科 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 無脊椎動物, ホヤ |
| SayaMatcher | 転写因子予測結合領域解析パイプライン | 埼玉医科大学ゲノム医学研究センター | Japan | 解析サービス | ||
| READ | Riken Expression Array Database | 埼玉医科大学ゲノム医学研究センターゲノム科学部門 | Japan | アクセス不可 | ||
| XDB | ツメガエルのEST解析データベース。神経胚、尾芽胚より約7万ESTを収集。 | 基生研 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 脊椎動物, カエル |
| PHYSCObase | モデル植物ヒメツリガネゴケについてのプロトコール集、完全長cDNAおよびESTクローンの塩基配列解析結果 | 基生研 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 植物, ヒメツリガネゴケ |
| FAMSBASE | 立体構造データベース。99生物種のゲノム情報から得られる全ORFからホモロジーモデリングで構築 | 長浜バイオ大学バイオサイエンス学部 | Japan | |||
| Het-PDB Navi | Hetero-atoms in protein structures | 長浜バイオ大学（郷先生) | Japan | プログラム | タンパク質, 立体構造 | |
| Cricket EST DB and Expression DB | コオロギの胚発生、器官形成・再生に関するESTおよび時空間発現データベース | 徳島大学 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 無脊椎動物, 昆虫 |
| Chick Eye EST DB and Expression DB | ニワトリの眼の発生に着目したESTおよび発現データベース | 徳島大学 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 脊椎動物, ニワトリ |
| Streptomyces avermitilisゲノムデータベース | 駆虫薬エバーメクチンを生産する工業微生物Streptomyces avermitilisのゲノム配列データベース | 北里大学北里生命科学研究所 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 微生物, 細菌 |
| Hepatitis Virus Database（肝炎ウイルスデータベース） | 肝炎ウイルスの遺伝子配列等が掲載されている． | 名古屋市立大学 | Japan | プログラム | DNA, 配列,タンパク質, 配列 | ウィルス |
| GALAXY | GALAXY はN型糖鎖の構造解析を支援するWEBアプリケーションである。 | 名古屋市立大学大学院薬学研究科 | Japan | プロジェクト | 糖 | |
| TMPDB | Experimentally-characterized transmembrane topologies | 弘前大 | Japan | 知識モデル | タンパク質, 立体構造 | |
| 日本ショウジョウバエデータベース（JDD：Japan Drosophila Database) | ショウジョウバエ系統とその特性などを掲載． | 京都工繊大・ショウジョウバエ遺伝資源センター | Japan | 辞典 | 無脊椎動物, ショウジョウバエ | |
| Genomic Object Net Pathway Database | ハイブリッド関数ペトリネットを用いてこれまでに作成した生命パスウエイを掲載している． | 山口大学理学部 | Japan | 知識モデル | 相互作用 | |
| 統合失調症の脳内遺伝子発現プロファイル | 放射活性を利用したＤＮＡアレイを利用して、統合失調症の脳３領域における病態遺伝子プロファイルを取得 | 新潟大学脳研究所 | Japan | アクセス不可 | ||
| ProMode | タンパク質立体構造の基準振動解析データベース | 早稲田大学社会科学部 | Japan | プログラム | タンパク質, 立体構造 | |
| LeESTデータベース | シイタケのESTデータベース． | 島根大学生物資源科学部生命工学科 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 植物, 菌類 |
| CGHデータベース | 各種癌αゲノム異常の網羅的解析DB | 東京医科歯科大学難治疾患研究所 | Japan | プロジェクト | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト | |
| dbProP（タンパク質多型データベース：a Protein Polymorphism database） | コード領域のアミノ酸変化多型などの情報を提供． | 独立行政法人 放射線医学総合研究所 | Japan | プログラム | DNA, 多型 | |
| 極限環境微生物DB（Extremo Base) | 極限環境微生物の遺伝子情報のDB；全ゲノム配列2 | 海洋開発研究機構極限環境生物圏研究センター | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 微生物, 細菌 |
| 老人病SNPデータベース | 老年病に関する臨床および病理所見データと遺伝子多型情報 | 東京都老人医療センター（JST) | Japan | プロジェクト | DNA, 多型 | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト |
| ﾋﾄ唾液腺腺癌細胞ﾀﾝﾊﾟｸ質の 2 次元電気泳動ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽ | ﾋﾄ唾液腺腺癌細胞ﾀﾝﾊﾟｸ質の 2 次元電気泳動ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽ | 岩手医科大学 歯学部 | Japan | プロジェクト | タンパク質, プロテオーム | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト |
| 老化促進ﾓﾃﾞﾙﾏｳｽ(SAM)ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽ | 老化促進ﾓﾃﾞﾙﾏｳｽ(SAM)研究協議会作成の老化促進ﾓﾃﾞﾙﾏｳｽ(SAM)ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽ | 信州大学 大学院医学研究科加齢適応医科学系加齢生物学分野 | Japan | 辞典 | 文献 | 脊椎動物, 哺乳類, マウス |
| ヒト疾患関連遺伝子・多型総合データベース | ヒトの疾患と関連する遺伝子変異・遺伝子多型に関する統合データベース | 慶応義塾大学/ヒト遺伝子疾患変異研究会 | Japan | プログラム | DNA, 多型 | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト |
| メタボロームと生理活性脂質データベース | 脂質の物理化学的性質、生理活性、メタボリズム、遺伝情報を構造式、スペクトルデータなども含めて表示 | 日本脂質生化学会 | Japan | 辞典 | 脂質 | |
| 免疫組織化学総合データベース | 免疫組織化学に関わる総合データベースで、ここの抗体に関わる記述とコラムから構成。 | 北海道大学病院病理部/ワーキンググループ | Japan | 辞典 | ||
| 糖鎖抗原データベース (GlycoEpitope) | 糖鎖抗原とそれを認識する抗体の総合的なデータベースであり、糖鎖の化学的データに加えて、その機能研究に関与する情報を提示 | 立命館大学/ＧｌｙｃｏＥｐｉｔｏｐｅＤａｔａｂａｓｅ作成委員会 | Japan | 知識モデル | タンパク質, 抗体,糖 | |
| J*FLY | ショウジョウバエの既知遺伝子のリスト、会報、画像、実験に関するムービー等が掲載されている． | 東大分子細胞生物学研究所 | Japan | 辞典 | 無脊椎動物, ショウジョウバエ | |
| ヒト新規遺伝子候補データベース | ヒト遺伝子発見プログラムDIGITを使用して発見したヒト新規遺伝子候補のデータベース | 理研GSC ゲノム構造情報研究グループ | Japan | プログラム | DNA, 配列 | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト |
| シロイヌナズナアクチベーションタギングラインデータベース | ｼﾛｲﾇﾅｽﾞﾅｱｸﾁﾍﾞｰｼｮﾝﾀｷﾞﾝｷﾞﾗｲﾝで、T1世代で表現形のでたラインからタグ挿入近傍の遺伝子を予測 | 理研GSC 植物ゲノム機能情報研究グループ | Japan | プロジェクト | 植物, シロイヌナズナ | |
| 脳形成遺伝子発現DB | 小脳形成における遺伝子発現の時空間的情報のDB | 理研 脳科学総合研究センター | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 脊椎動物, 哺乳類, マウス |
| Transcription Analysis of BY-2 | タバコ培養細胞BY-2株由来cDNA断片の配列情報とそれのホモロジー検索結果 | 理研 植物科学研究センター | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 植物, タバコ |
| Escherichia coli O157:H7 Sakai | 腸管出血性大腸菌 O157 のゲノム統合データベース． | 大阪大学遺伝情報実験センター | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 微生物, 大腸菌 |
| 腸炎ビブリオゲノム配列データベース | 腸炎ビブリオの全ゲノム配列情報のデータベース | 大阪大学微生物病研究所 細菌感染分野 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 微生物, 細菌 |
| 病原性大腸菌 O157ゲノムデータベース | 病原性大腸菌 O157のゲノム情報データベースであり、種々の情報検索や、関連論文の検索が可能 | 宮崎大学 | Japan | アクセス不可 | ||
| 腸炎ビブリオゲノムデータベース | 腸炎ビブリオのゲノム情報データベースであり、種々の検索が可能である。 | 宮崎大学 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 微生物, 細菌 |
| Atlas (ISH Data Base) | Dictyostelium discoideum cDNAクローンのWhole-mount in situ hybridization での空間的遺伝子発現情報 | 筑波大学生物科学系 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 植物, 粘菌 |
| Dictyostelium cDNA Database (略称Dicty_cDB) | Dictyostelium discoideum cDNAクローンの塩基配列・相同性・モチーフ検索・局在性予測等の情報 | 筑波大学生物科学系 | Japan | アクセス不可 | ||
| 日本人遺伝性疾患家系データベース | 国内の医学会抄録集から、家系・家族・遺伝をキーワードに収集したデータベース。 | 琉球大学大学院医学研究科医学部 医科遺伝学分野 | Japan | アクセス不可 | ||
| 琉球大学遺伝性疾患データベース第9版 | 遺伝子が関与する疾患を奇形症候群を中心にまとめたデータベース。 | 琉球大学大学院医学研究科医学部 医科遺伝学分野 | Japan | アクセス不可 | ||
| Nocardia farcinicaゲノムデータベース | 病原性放線菌Nocardia farcinica IFM 10152株のゲノム配列データベース | 国立感染症研究所 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 微生物, 細菌 |
| H-Invitational Database | H-InvDBはヒトの遺伝子と転写産物を対象とした統合データベース、ヒトのすべての転写産物の配列をあらゆる手法で解析 | 産業技術総合研究所 JBIRC | Japan | 注釈 | アノテーション | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト |
| 7回膜貫通タンパク質データベース(SEVENS) | 創薬のターゲットとして最も重要なGタンパク質共役型受容体データベース | 産業技術総合研究所 CBRC | Japan | プログラム | タンパク質, 立体構造 | |
| Alternative Splicing and Transcription Archives (ASTRA) | 選択的プライシングと転写の基本パターンに関するデータベース | 産業技術総合研究所 CBRC | Japan | プログラム | DNA, 配列 | |
| タンパク質立体構造データベース(GENIUS Ⅱ) | 多重媒介配列検索法（MISS法）を用いて各生物種ゲノムの全ORFを構造既知のタンパク質の立体構造に帰属したデータベースシステム | 産業技術総合研究所 CBRC | Japan | プログラム | タンパク質, 立体構造 | |
| 代表的タンパク質チェイン決定システム(PDB-REPRDB) | タンパク質立体構造を配列および構造類似性を考慮して分類し代表タンパク質チェインを決定するシステム | 産業技術総合研究所 CBRC | Japan | プログラム | タンパク質, 立体構造 | |
| A Database of Enzyme Catalytic Mechanisms (EzCatDB) | 酵素立体構造情報、文献情報などに基いて、酵素触媒機構を階層的に分類 | 産業技術総合研究所 CBRC | Japan | 知識モデル | タンパク質, 機能 | |
| Database for Genetic Engineering of Microalgae | 微細藻類の遺伝子組み換えに役に立つ情報をデータベース化。ホストーベクター系、遺伝子導入法、有用物質の生産、インヒビター耐性変異株、合成トランスポゾン系 、選択マーカー | 産業技術総合研究所 | Japan | 辞典 | 植物, 藻類 | |
| Brain Atlas Database of Japanese Monkey for WWW | 脳画像データベース。ニホンザルの脳の画像をデジタル化して公開。高次機能を調べるうえで重要な脳皮質全体を含む組織標本の連続切片データベース。マウス操作のみで簡便に参照可能。 | 産業技術総合研究所 脳神経情報研究部門 | Japan | プロジェクト | 形態 | 脊椎動物, 哺乳類, 霊長類 |
| Transcription Product Database (TraP) | 古細菌の生合成・代謝経路に関わる遺伝子産物データベース | 産業技術総合研究所 脳神経情報研究部門 DNA情報科学研究グループ | Japan | 知識モデル | 相互作用 | 微生物, 古細菌 |
| ARCHAebacterial Information Collection (ARCHAIC) | ARCHAIC（古細菌情報コレクション）、古細菌ゲノムDNA配列 | 産業技術総合研究所 脳神経情報研究部門 DNA情報科学研究グループ | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 微生物, 古細菌 |
| Database of genomes and transcriptional regulations for filamentous fungi | 酒・味噌・醤油など 発酵・醸造工業に広く用いられている麹菌Aspergillus oryzae塩基配列および発現制御などの情報をデータベース化。 | 産業技術総合研究所、酒類総合研究所、食品総合研究所、名古屋大学農学部、愛知県食品工業技術センター、東京大学農学部、東京農工大学農学部、東北大学農学部 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列,相互作用 | 植物, 菌類 |
| Rat Brain Sections: Super-fine images | ラットの脳断面画像。現バージョンでは7枚の脳断面画像を公開。 | 産業技術総合研究所、(株)映像美術院、(株)PFU | Japan | プロジェクト | 形態 | 脊椎動物, 哺乳類, ラット |
| Archaeal Gene Network (Arch GeNet) | 古細菌Thermoplasma volcanium GSS1の遺伝子発現プロファイル | 産業技術総合研究所 脳神経情報研究部門 DNA情報科学研究グループ | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 微生物, 古細菌 |
| 微生物データベースシステム (MRCD) | 微生物データベース。微生物のキーワード検索が可能。 | 産業技術総合研究所 生物遺伝子資源研究部門 | Japan | 辞典 | 微生物, 細菌 | |
| a genome database of microorganisms sequenced at NITE. (DOGAN) | NITEでゲノム解析した微生物とそのゲノムの特徴を公開している。塩基配列データや、遺伝子地図、推定遺伝子領域などの情報。 | 製品評価技術基盤機構 産業技術総合研究所 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 微生物, 細菌,植物, 菌類 |
| NBRC Culture Catalogue | NBRCで保存している生物遺伝資源のデータベース。NITEで分譲している微生物株を、学名で検索したり、微生物株の詳細な情報を得ることができる。 | 製品評価技術基盤機構 生物遺伝資源部門（NBRC) | Japan | リソース | ||
| Distribution of Full-length Human cDNA Clones | NITEで分譲しているヒト完全長cDNAクローンをDDBJ Accession番号や配列で検索ができる | 製品評価技術基盤機構 生物遺伝資源部門（NBRC) | Japan | リソース | ||
| Gene Diversity DataBase System (GDBS) | モデル疾患の感受性遺伝子を同定する目的で行なったタイピング実験の結果（遺伝子多型情報）や解析情報，感受性候補領域の詳細情報についてのデータベース | バイオ産業情報化コンソーシアム(JBIC) | Japan | プロジェクト | DNA, 多型 | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト |
| 標準SNPs解析事業 | 日本人一般集団７８６人を対象に遺伝子型の決定を行い、アレル（対立遺伝子）頻度のデータベースを構築 | 東京大学医科学研究所、バイオ産業情報化コンソーシアム、製品評価技術基盤機構 | Japan | |||
| 完全長cDNAデータベース (FL-DB) | 完全長cDNA構造解析プロジェクトで解析された新規ヒト遺伝子全長配列および解析結果を統合したデータベース | バイオテクノロジー開発技術研究組合 | Japan | アクセス不可 | ||
| CyanoBase | ラン藻 Synechocystis sp. strain PCC 6803, Anabaena sp. PCC 7120, Thermosynechococcus elongatus BP-1 ならびに光合成細菌 Chlorobium tepidum TLS のゲノムデータベース | かずさDNA研究所 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 微生物, シアノバクテリア,植物, 藻類 |
| RhizoBase | 根粒菌 Mesorhizobium loti MAFF303099, Bradyrhizobium japonicum USDA110, Sinorhizobium meliloti 1021 ならびに Rhizobium sp. NGR234 symbiotic plasmid, M. loti R7A symbiosis island のゲノムデータベース | かずさDNA研究所 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 微生物, 細菌 |
| Lotus japonicus Genome Sequence Project | マメ科モデル植物ミヤコグサ Lotus japonicus のゲノム塩基配列解析情報 | かずさDNA研究所 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 植物, マメ科 |
| Codon Usage Database | 遺伝暗号使用頻度データベース | かずさDNA研究所 | Japan | プログラム | DNA, 配列 | |
| クラミドモナスESI Index | クラミドモナス（Chlamydomonas reinhardtii）EST 解析情報データベース | かずさDNA研究所 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 微生物, 原生動物 |
| ミヤコグサEST Index | ミヤコグサ（Lotus japonicus）EST 解析情報データベース | かずさDNA研究所 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 植物, マメ科 |
| シロイヌナズナEST Index | シロイヌナズナ（Arabidopsis thaliana）EST 解析情報データベース | かずさDNA研究所 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 植物, シロイヌナズナ |
| スサビノリEST Index | スサビノリ（Porphyra yezoensis）EST 解析情報データベース | かずさDNA研究所 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 植物, 藻類 |
| KATANA | シロイヌナズナ（Arabidopsis thaliana）遺伝情報統合データベース | かずさDNA研究所 | Japan | プログラム | アノテーション | 植物, シロイヌナズナ |
| MiBASE | 矮性トマト品種マイクロトムのEST、Unigene、マーカー、GOなどのデータベース | かずさDNA研究所 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 植物, トマト |
| HUGE | ヒト長鎖 cDNA (KIAA cDNA) 解析情報データベース | かずさDNA研究所 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト |
| ROUGE | マウス長鎖 cDNA (mKIAA cDNA) 解析情報データベース | かずさDNA研究所 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 脊椎動物, 哺乳類, マウス |
| CREAT portal | InGaP:mKIAA抗体及びmKIAA cDNAマイクロアレイ解析情報 データベース、InCeP:KIAA/mKIAA遺伝子が関連するパスウェーデータベース | かずさDNA研究所 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現,相互作用 | 脊椎動物, 哺乳類, マウス |
| Mouse DNA Microarray | マウスDNAマイクロアレイ 解析情報データベース | かずさDNA研究所 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 脊椎動物, 哺乳類, マウス |
| 疾患ゲノムデータベース (GeMDBJ) | アルツハイマーなど5疾患とファーマコジェネティックスに関わるゲノムワイドなSNP解析とチップによる遺伝子発現データ | 国立がんセンター研究所/ミレニアムゲノムプロジェクト | Japan | プロジェクト | DNA, 多型,遺伝子発現 | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト |
| カニクイザルcDNAデータベース (Qfbase) | カニクイザルオリゴキャップクローンの5'端63,000配列、3'端22,000配列、全長4,500配列 | 医薬基盤研究所生物資源研究部遺伝子資源研究室 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 脊椎動物, 哺乳類, 霊長類 |
| チンパンジーcDNAデータベース (PRIGEN) | チンパンジーオリゴキャップクローンの5’端cDNA15,000シーケンス | 医薬基盤研究所生物資源研究部遺伝子資源研究室 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 脊椎動物, 哺乳類, 霊長類 |
| HIV感染症統合データベース(HIV-DB) | ＨＩＶ|ｉ関するクリニカルデータとウイルスデータを統合化 | 国立感染症研究所 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列,タンパク質, 配列 | ウィルス |
| Mycoplasma penetrans genome | Mycoplasma penetrans ゲノムの全塩基配列データと解析結果 | 国立感染症研究所 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 微生物, 細菌 |
| Nocardia farcinica genome | Nocardia farcinica ゲノムの全塩基配列データと解析結果 | 国立感染症研究所 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 微生物, 細菌 |
| 病原真菌データベース | 真菌菌種リスト（塩基配列による菌種分類など)および真菌症リストなど) | 病原真菌データベース運営委員会/帝京大学真菌研究センター | Japan | 辞典 | 微生物, 細菌 | |
| 生体内ペプチドのファクトデータベース (PEPTIDOME) | 生体内ペプチドのファクトデータベースの構築と維持のためのシステム | 国立循環器病センター/生体内ペプチドファクトDB作成委員会 | Japan | プロジェクト | タンパク質, プロテオーム | |
| Rice Annotation Project DataBase (RAP-DB) | RAP-DBは主にイネの遺伝子と転写産物を対象とした統合データベース、イネを中心にイネ科作物等の転写産物の配列をあらゆる手法で解析 | 農業生物資源研究所 | Japan | 注釈 | アノテーション | 植物, イネ |
| Integrated Rice Genome Explorer (INE) | イネの遺伝地図、物理地図、遺伝子発現地図及び配列情報を統合したデータベース | 農業生物資源研究所 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列,遺伝子発現 | 植物, イネ |
| Rice Genome Automated Annotation System (Rice GAAS) | 公的データベースから収集したイネゲノム配列情報に自動で遺伝子領域を推定する解析ツールであり、かつ解析した情報を公開 | 農業生物資源研究所 | Japan | プログラム | アノテーション | 植物, イネ |
| Rice Annotation Database (RAD) | 解読したイネゲノム配列のアノテーションデータベース | 農業生物資源研究所 | Japan | 注釈 | アノテーション | 植物, イネ |
| Rice Proteome Database | イネの２次元電気泳動情報を主とするプロテオ?ムデータベース | 農業生物資源研究所 | Japan | プロジェクト | タンパク質, プロテオーム | 植物, イネ |
| Knowledge-Oriented Molecular Biological Encyclopedia (KOME) | イネ完全長cDNA情報データベース | 農業生物資源研究所 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 植物, イネ |
| Rice Tos17 Insertion Mutant Database | レトロトランスポゾンによる遺伝子破壊系統のデータベース。表現型情報と挿入領域情報を公開。 | 農業生物資源研究所 | Japan | プロジェクト | 植物, イネ | |
| Rice Expression Database (RED) | マイクロアレイ解析による遺伝子発現情報データベース | 農業生物資源研究所 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 植物, イネ |
| RGP Rice cDNA Sequence Database | イネESTデータベース | 農業生物資源研究所 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 植物, イネ |
| Rice Microarray Opening Site (RMOS) | イネマイクロアレイデータベース | 農業生物資源研究所 | Japan | 辞典 | 遺伝子発現 | 植物, イネ |
| Rice PIPELINE | イネ関連データベースの横断的検索ツール | 農業生物資源研究所 | Japan | 解析プログラム | ||
| PLAnt Cis-acting Regulatory DNA Elements Database (PLACE) | 文献情報から抽出した植物の転写因子結合シス配列データベース | 農業生物資源研究所 | Japan | 知識モデル | DNA, 配列,相互作用 | |
| Rice Mitochondrial Genome Information (RMG) | イネミトコンドリアゲノム情報データベース | 農業生物資源研究所 | Japan | プロジェクト | DNA, 配列 | 植物, イネ |
| Rice Protein Structure Databace (RPSD) | イネタンパク質構造データベース | 農業生物資源研究所 | Japan | プログラム | タンパク質, 立体構造 | 植物, イネ |
| Pig EST Data Explorer (PEDE) | ブタ完全長cDNAクローン由来のESTデータベース | 農業生物資源研究所 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 脊椎動物, 哺乳類, ブタ |
| Kaiko Genome Automated Annotation System (KAIKO GAAS) | カイコゲノム配列情報に自動で遺伝子領域を推定する解析ツールであり、かつ解析した情報を公開 | 農業生物資源研究所 | Japan | プログラム | アノテーション | 無脊椎動物, 昆虫 |
| KAIKO cDNA | カイコESTデータベース | 農業生物資源研究所 | Japan | プロジェクト | 遺伝子発現 | 無脊椎動物, 昆虫 |
| Rice Research | 日本のイネを中心に品種、系譜図、特性情報（出穂期、草丈、種子形態等）を網羅的に公開しているデータベース | 農業・食品産業技術総合研究機構 | Japan | 辞典 | 植物, イネ | |
| GenBank. | NCBI | USA | データバンク | DNA, 配列 | ||
| The Mouse Genome Database (MGD): updates and enhancements. | The Jackson Laboratory | USA | プロジェクト,データバンク | アノテーション | 脊椎動物, 哺乳類, マウス | |
| The RCSB PDB information portal for structural genomics. | Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB) | USA | データバンク | タンパク質, 立体構造 | ||
| FlyBase: anatomical data, images and queries. | Indiana Univ. | USA | プロジェクト | アノテーション | 無脊椎動物, ショウジョウバエ | |
| The Arabidopsis Information Resource (TAIR) | Carnegie Institution of Washington Department of Plant Biology, Stanford, California, and the National Center for Genome Resources (NCGR) | USA | プロジェクト,データバンク | アノテーション | 植物, シロイヌナズナ | |
| REBASE | New England Biolabs, Inc., | USA | 知識モデル | タンパク質, 機能 | ||
| EMBL Nucleotide Sequence Database: developments in 2005. | EBI | UK | データバンク | DNA, 配列 | ||
| Ensembl 2006. | EBI, Sanger Institute | UK | プログラム | アノテーション | ||
| Pfam | Sanger Institute | UK | 注釈 | タンパク質, モチーフ | ||
| GEO - Gene Expression Omnibus | NCBI | USA | データバンク | 遺伝子発現 | ||
| dbEST | NCBI | USA | データバンク | 遺伝子発現 | ||
| dbSNP | NCBI, NHGRI | USA | データバンク | DNA, 多型 | ||
| IMB Jena Image Library | Institute of Molecular Biotechnology (IMB), Jena / Germany | Germany | 注釈 | タンパク質, 立体構造 | ||
| InterPro | EBI | UK | 注釈,プログラム | タンパク質, モチーフ | ||
| Yeast snoRNA Database | University of Massachusetts Amherst | USA | プロジェクト | RNA | 微生物, 酵母 | |
| NRSub | France | プログラム | タンパク質, 配列,DNA, 配列 | 微生物, 枯草菌 | ||
| Prolysis | Universite Francois Rabelais, Tours | France | 辞典 | タンパク質, 機能 | ||
| MEROPS: the peptidase database. | Sanger Institute | UK | 注釈 | タンパク質, 機能 | ||
| The UCSC Genome Browser Database: update 2006. | UCSC | USA | プログラム | アノテーション | ||
| Gramene: a bird's eye view of cereal genomes. | USA | アクセス不可 | ||||
| SGD - Saccharomyces Genome Database | Stanford Univ. | USA | プロジェクト,データバンク | アノテーション | 微生物, 酵母 | |
| STACK | The South African National Bioinformatics Institute | South Africa | プログラム | 遺伝子発現 | ||
| COG - Clusters of Orthologous Groups of proteins | NCBI | USA | プログラム | タンパク質, 配列 | ||
| Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology | CNRS-IGR, University Hospital, Poitiers, France | France | 辞典 | 病気, ガン | ||
| GadFly | The Berkeley Drosophila Genome Project (Drosophila Genome Center, Howard Hughes Medical Institute) | USA | プロジェクト | アノテーション | 無脊椎動物, ショウジョウバエ | |
| BRENDA | BioInformatics Center, Cologne University | Germany | 知識モデル | タンパク質, 機能 | ||
| CropNet | UK | アクセス不可 | ||||
| SCOP - Structural Classification Of Proteins | The Medical Research Council (MRC) | UK | 注釈 | タンパク質, 立体構造 | ||
| Rat Genome Database | Medical College of Wisconsin | USA | プロジェクト,データバンク | アノテーション | 脊椎動物, 哺乳類, ラット | |
| ProDom | INRA and CNRS | France | プログラム | タンパク質, 配列 | ||
| NDB | Rutgers, the State University of New Jersey | USA | データバンク | DNA, 立体構造 | ||
| HGVbase | Karolinska Institute, EBI | Sweden | 注釈 | DNA, 多型 | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト | |
| SubtiList | Institut Pasteur | France | プログラム | アノテーション | 微生物, 枯草菌 | |
| DIP - Database of Interacting Proteins | UCLA | USA | 注釈 | 相互作用 | ||
| The tmRDB and SRPDB resources. | University of Texas Health Science Center at Tyler | Denmark | プログラム | RNA | ||
| SMART 5: domains in the context of genomes and networks. | EMBL | Germany | 注釈 | タンパク質, モチーフ | ||
| The Gene Ontology (GO) project in 2006. | Gene Ontology Consortium (GO-EBI) | USA | 知識モデル | 文献 | ||
| WormBase: better software, richer content. | CSHL | USA | プロジェクト,データバンク | アノテーション | 無脊椎動物, 線虫 | |
| IMGT/LIGM-DB, the IMGT comprehensive database of immunoglobulin and T cell receptor nucleotide sequences. | CINES (Centre Informatique National de l'Enseignement Superieur), Montpellier, France (IMGT/MHC-DB is hosted at EBI) | France | 注釈,プログラム | タンパク質, 抗体 | ||
| yMGV - Yeast microarray global viewer | Laboratoire de Genetique Moleculaire, CNRS, Ecole Normale Superieure, Paris, France | France | プログラム | 遺伝子発現 | 微生物, 酵母 | |
| Wnt Database | Howard Hughes Medical Institute, Beckman Center, Stanford University Medical Center | USA | 辞典 | タンパク質, 機能 | ||
| S.pombe genome project | Sanger Institute | UK | プロジェクト | アノテーション | 微生物, 酵母 | |
| PEDB | Fred Hutchinson Cancer Research Center | USA | プロジェクト | 遺伝子発現 | ||
| MaizeGDB | Iowa State University | USA | プロジェクト | アノテーション | 植物, トウモロコシ | |
| The tmRNA website | Department of Biology, Indiana University | USA | 注釈,プログラム | RNA | 微生物, 細菌 | |
| GPCRDB | Department of Cellular and Molecular Pharmacology, UCSF | USA | プログラム | タンパク質, 機能 | ||
| ArrayExpress | EBI | UK | データバンク | 遺伝子発現 | ||
| Yeast Intron Database | UCSC | USA | 注釈,プロジェクト | DNA, 配列 | 微生物, 酵母 | |
| O-GLYCBASE | The Technical University of Denmark | Denmark | 注釈 | タンパク質, モチーフ | ||
| EpoDB - Erythropoiesis Database | Computational Biology and Informatics Laboratory , University of Pennsylvania | USA | プログラム | 遺伝子発現 | 脊椎動物, 哺乳類, ヒト | |
| BioMagResBank | BioMagResBank, Department of Biochemistry, University of Wisconsin-Madison | USA | データバンク | タンパク質, 立体構造 | ||
| BioImage | Department of Zoology, University of Oxford | UK | データバンク | 画像 | ||
| NetAffx | Affymetrix, Inc | USA | プロジェクト | DNA, 配列 | ||
| MHCPEP | Australia | アクセス不可 | ||||
| AARSDB | Institute of Bioorganic Chemistry of the Polish Academy of Sciences | Poland | プログラム | タンパク質, 機能 | ||
| Ribosomal Database Project (RDP-II) | Michigan State University | USA | プログラム | RNA | ||
| PIR-PSD | Georgetown University Medical Center | USA | プログラム | タンパク質, 配列 | ||
| MAtDB | Institute for Bioinformatics (MIPS), GSF National Research Center for Environment and Health, Ingolstaedter Landstrasse | Germany | プロジェクト | 植物, シロイヌナズナ | ||
| Blocks | Fred Hutchinson Cancer Research Center | USA | プログラム | タンパク質, モチーフ | ||
| DPInteract | Harvard Medical School | USA | 注釈 | 相互作用 |
