Aaindex
出典: WINGpro
| 別称 | Amino acid indices and similarity matrices |
|---|---|
| 提供機関 | 京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター |
| 提供機関の所在(国) | 日本 |
| URL | http://www.genome.jp/aaindex/ |
| カテゴリ | |
| 提供データ | アミノ酸の特性を表現した 20 の数値セット、アミノ酸置換マトリクス |
| 取り扱い生物種 | |
| 提供様式 | Webアプリケーションによる検索および結果の閲覧.
FTPによるダウンロード |
| 利用条件 | |
| データ量 | Amino Acid Index Database
Release 9.1, Aug 06 Kyoto University Bioinformatics Center 544 entries
Release 9.1, Aug 06 Kyoto University Bioinformatics Center 94 entries |
| 更新頻度 | 不定期 |
| 更新記録 |
AAindexは、タンパク質を構成する要素としてのアミノ酸の様々な特徴を、数値で表現したデータを収集したデータベース。AAindex1, AAindex2, AAindex3の３つのデータベースから構成されている。AAindex1は、アミノ酸の物理化学的特性や生物学的特性を表現した 20 の数値セットのデータベース、AAindex2は、アミノ酸置換マトリクスのデータベース、AAindex3は、アミノ酸ペアポテンシャルのデータベースである。
目次 |
[編集] AAindex1
AAindex1では、20のアミノ酸について、数値的に表現できる物理化学的特性や生物学的特性のデータを収集している。基本的に文献から情報を収集している。一つのデータベースエントリーには、例えば疎水性という特性に対する20のアミノ酸の指標が20の数値として記載されている。ただし、文献によっては、全てのアミノ酸に関する数値データが記載されていることもあるので、20以下の数値データしかないこともある。それ以外には、文献情報、高い相関係数を示す他エントリーへのリンク情報が記載されている。
AAindexのエントリーIDは、アルファベット4文字と数値6文字の計10文字からなり、そのエントリーを作るのに参照した文献情報から以下のルールで作られる。
最初の4文字は、第一著者の姓から3文字と名から1文字。続く数値二桁は、年号の後半2文字。続く数値二桁は、その第一著者によりその年に書かれた文献の中で、AAindexにデータベース化された順番。最後の二桁は、該当論文の中のデータの順番。例えば、WING（姓）TARO（名）が第一著者で、2007年に出した最初の該当論文に、2つのアミノ酸インデックスデータが記載されていた場合、エントリーIDは、それぞれ、WINT070101およびWNT070102となる。このルールは、AAindexの3つのデータベースで共通である。
[編集] AAindex2
AAindex2では、アミノ酸置換マトリクスの数値データを収集している。
[編集] AAindex3
AAindex3では、アミノ酸ペアポテンシャルの数値データを収集している。
[編集] 利用方法
DBGET形式のフラットファイルで作られており、GenomeNet上で、キーワードによる検索サービスが提供されている。
URL: http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bfind?aaindex
また、GenomeNetのftpサービスよりフラットファイルを一括して取得することができる。
[編集] データ一括取得方法
ftp://ftp.genome.ad.jp/pub/db/genomenet/aaindex/
[編集] リンクの張り方
http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bfind_sub?dbkey=aaindex&composite=aaindex&keywords=[クエリ]&mode=[選択したmodeのValue値]&max_hit=[選択したentryのValue値]
[編集] 関連ソフトウェア
EMBOSS BioRuby
[編集] Tips
EMBOSSプログラムの pepwindow とpepwindowall は、AAindex エントリのデータを用いて疎水性プロットを描く．もし、AAindex がインストールされていれば、これらのプログラムは他のアミノ酸特性をプロットすることができる。AAindex はFTP経由で使用可能。AAindex は、aaindexextractプログラムを使用して EMBOSS に組み込むことができる。
BioRubyライブラリには、Ruby言語から利用できる、AAindexパーザクラスが用意されている。
== その他 ==
