TRNADB-CE

出典: WINGpro

別称	tRNA gene database curated manually by experts
提供機関	長浜バイオ大学
提供機関の所在(国)	日本
URL	http://trna.nagahama-i-bio.ac.jp/
カテゴリ	遺伝子、塩基配列
提供データ	遺伝子配列
取り扱い生物種	細菌、古細菌
提供様式
利用条件	WEBインターフェース
データ量	tRNA遺伝子数 144,061
更新頻度
更新記録	2008/07/10

目次 1 概要 2 利用方法 3 検索インターフェース 4 入力例 5 データ一括取得方法 6 リンクの張り方 7 関連データベース 8 関連ソフトウェア 9 Tips 10 その他

[編集] 概要

ゲノムシークエンシングが完了している細菌と古細菌からそれぞれ28,448、2,096のtRNA遺伝子、 さらにWhole genome Shotgunシークエンシングデータから20,975、環境メタゲノムデータから92,542のtRNA遺伝 子を収録している。３種類のプログラムを利用しているが、これらの不一致データについて専門家がチェックをしている。マップ表示はKEGG DAS。

[編集] 利用方法

キーワード検索、学名、配列ID、ゲノムID、データのタイプでの制限検索が可能。blastn、pattern検索も可能。

[編集] 検索インターフェース

WEBインターフェース。

[編集] 入力例

Escherichia coli

[編集] データ一括取得方法

データダウンロード可能。

[編集] リンクの張り方

[編集] 関連データベース

[編集] 関連ソフトウェア

tRNAscan-SE、ゲノム解析ツールリンク集解説、論文、引用論文へのリンク
ARAGORN
tRNAfinder

[編集] Tips

[編集] その他

Reference

Takashi Abe, Toshimichi Ikemura, Yasuo Ohara, Hiroshi Uehara, Makoto Kinouchi, 
Shigehiko   Kanaya, Yuko Yamada, Akira Muto and Hachiro Inokuchi
"tRNADB-CE: tRNA gene database curated manually by experts"
Nucleic Acids Research, Database Issue 2009,doi:10.1093/nar/gkn692